Związek tocznia rumieniowatego układowego z C8orf13-BLK i ITGAM-ITGAX czesc 4

1. Podsumowanie próbek od 1311 pacjentów i 3340 podmiotów kontrolnych w badaniu stowarzyszenia Genomewide. Łącznie 502,033 SNP na chipach Illumina przekazało filtry kontroli jakości i zostały przetestowane pod kątem powiązania ze SLE w sposób etapowy z wykorzystaniem trzech serii kontroli przypadku (Tabela 1). Połączona statystyka asocjacji została obliczona przez dodanie punktów z przeliczonych ze statystyki testu chi-kwadrat z korektą EIGENSTRAT, 23 ważonych dla wielkości serii i skorygowanych o rezydualną .gc dla każdej serii (patrz Dodatek dodatkowy). Rysunek 1. Rysunek 1. Identyfikacja pięciu głównych loci związanych z toczniem rumieniowatym układowym w badaniu stowarzyszenia genomewidu. Dane reprezentują 502 033 warianty polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP), które zostały genotypowane w trzech seriach próbek DNA od 1311 pacjentów z przypadkami i 3340 osób z grupy kontrolnej. Panel A pokazuje wykres kwantylowo-kwantylowy obserwowanego rozkładu wartości P, w porównaniu z oczekiwanym rozkładem wartości zerowej P. Czarne romby reprezentują wszystkie wartości P, a niebieskie diamenty przedstawiają wartości P po wykluczeniu wariantów w regionie HLA, IRF5 i STAT4. Panel B pokazuje wartości -log10 P z połączonej analizy, zgodnie z chromosomem. Nie pokazano w Tablicy B to dodatkowe 34 warianty w regionie HLA o P <1 × 10-13.
Porównanie obserwowanych wartości P dla metaanalizy z wartościami P dla rozkładu zerowego pokazano na rysunku 1A. Istotne odchylenie od rozkładu zerowego obserwowano na końcu rozkładu, co może wskazywać na obecność prawdziwych pozytywnych asocjacji. Silne powiązanie ze SLE odnotowano dla trzech ustalonych loci ryzyka. W regionie HLA klasy II rs2187668 jest prawie idealnym predyktorem allelu28 DRB1 * 0301 i był wariantem najsilniej związanym ze SLE w połączonej analizie (P = 3 × 10-21). Dodatkowe 157 SNP w regionie HLA, z których wiele jest skorelowanych z allelem DRB1 * 0301, obserwowało wartości P mniejsze niż 5 x 10-7 (Figura 1B). Silne powiązanie obserwowano w przypadku wariantów związanych z dobrze zwalidowanym haplotypem ryzyka IRF5 (np. Rs10488631; P = 2 × 10-11) .7-9 Ponadto zaobserwowano związek z STAT4 (rs7574865, P = 9 × 10-14). Niedawno zgłoszono związek pomiędzy wariantami STAT4 i SLE oraz reumatoidalnym zapaleniem stawów.10 Nasz zestaw danych SLE pokrywa się z danymi z wcześniejszego badania10 i obejmuje dodatkowe 341 pacjentów i 2905 pacjentów z grupy kontrolnej, którzy nie zostali uwzględnieni w poprzedniej analizie. Po usunięciu wariantów w HLA, IRF5 i STAT4 z oczekiwanej względem obserwowanej analizy chi-kwadrat, odchylenie wartości P z rozkładu zerowego pozostało, co sugeruje istnienie nowych loci SLE (Figura 1A). Wiele SNP w pobliżu genu B limfatycznej kinazy tyrozynowej (BLK) oraz w regionie, który zawiera geny integryny alfa M (ITGAM) i integryny alfa X (ITGAX) były silnie związane ze SLE w połączonej analizie (Figura 1B). Żaden z tych genów lub regionów nie był wcześniej zamieszany w podatność na SLE.
C8orf13-BLK
Rysunek 2. Rysunek 2. Korelacja wariantów w C8orf13-BLK z poziomami ekspresji w transformowanych komórkach B
[więcej w: krople krwi, zakwaszenie organizmu mit, komórki oksyfilne ]

Powiązane tematy z artykułem: komórki oksyfilne krople krwi zakwaszenie organizmu mit