Związek tocznia rumieniowatego układowego z C8orf13-BLK i ITGAM-ITGAX cd

Do analizy włączono 555 080 polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP) obecnych w obu wersjach i 3 HumanHap550. Próbki z przypadkami i próbkami kontrolnymi o średniej liczbie wywołań mniejszej niż 80% w całym chipie przeszły powtarzające się genotypowanie. W szwedzkiej serii, SNPs rs11574637 (ITGAM-ITGAX) i rs13277113 (C8orf13-BLK) zostały genotypowane z zastosowaniem homogennych jednozasadowych testów wydłużania z wykrywaniem polaryzacji fluorescencji na Platformie Technologicznej SNP w Uppsali (www.genotyping.se) i odczynniki (PerkinElmer) .22 Szybkość wywoływania genotypu w próbkach wynosiła 96%, a powtarzalność wynosiła 100%, na podstawie podwójnych testów 4,6% genotypów. Próbki pochodzące od trzypokoleniowego rodowodu z Centre d Etude du Polymorphisme Humain (CEPH) z 20 członkami były genotypowane równolegle z badanymi próbkami i nie zaobserwowano żadnych odchyleń od mendlowskiego dziedziczenia dla żadnego z SNP.
Filtry jakości danych
Szczegółowe informacje na temat filtrów jakości danych zastosowanych w badaniu, testów na asocjację i heterogeniczności wśród trzech badań kliniczno-kontrolnych oraz usuwania wartości izolowanych populacji za pomocą oprogramowania EIGENSTRAT23 są dostępne w Dodatku uzupełniającym. Seria składała się z 411 osób z przypadkami i 1047 osób kontrolnych, seria 2 składała się z 595 osób z przypadkami i 1516 osób kontrolnych, a seria 3 obejmowała 305 pacjentów z przypadkami i 777 osób kontrolnych. Ogółem kobiety stanowiły 93% przypadków i 62% osób kontrolnych. Nie stwierdzono istotnych różnic w częstości występowania alleli u mężczyzn i kobiet.
W sumie 3323 SNP zostały usunięte, ponieważ ponad 2% danych nie było w co najmniej jednej serii lub brakujące dane były nierównomiernie rozłożone między podmiotami przypadku i kontroli (różnicowy brak, P <1 × 10-3). Kolejne 13 SNP w pseudoautosomalnym regionie chromosomu X nie wykazywało istotnego związku i zostały wykluczone z dalszej analizy. Filtrowanie próbek i markerów przeprowadzono przy użyciu modułów analitycznych w oprogramowaniu PLINK. 24 Dla każdej serii, 502,033 SNP zostało rozszerzonych do analiz typu downstream.
Analiza ekspresji genów
Zbadaliśmy ekspresję genów w liniach komórek B transformowanych wirusem Epsteina-Barra (EBV) z 210 niespokrewnionych, zdrowych osób z HapMap (projekt GENEVAR, www.sanger.ac.uk/humgen/genevar/)25 i niezależny zestaw 400 Komórki B transformowane EBV26. Dodatkowe szczegóły dotyczące tych analiz są dostępne w dodatkowym dodatku.
Analiza statystyczna
Powiązanie między wszystkimi SNP i podatnością na SLE zostało obliczone przy użyciu tabel kontyngencji dwa na dwa . Następnie obliczono genomowy kontrolny współczynnik inflacji (.gc) dla każdej serii próbek27. Genomowy kontrolny czynnik inflacji jest metryką opartą na medianie chi-kwadrat, która odzwierciedla, czy większość rozkładu odpowiada hipotezy zerowej (.gc = 1.0) . Wartość .gc większa niż oznacza podwyższenie średniej statystyki asocjacji chi-kwadrat z powodu systemowych artefaktów technicznych lub obecności stratyfikacji populacji. 50 loci o najsilniejszych skojarzeniach wymieniono w tabeli 2 dodatku dodatkowego, a skorygowane zbiorcze statystyki stratyfikacji populacji dla wszystkich SNP przechodzących filtry kontroli jakości z każdej serii i połączone statystyki stowarzyszenia są dostępne z dbGAP (numer dostępu phs000122. v1.p1).
Wyniki
Analiza asocjacji genomewidu
Tabela 1
[przypisy: krople krwi, honorowy dawca krwi przywileje, oddawanie krwii ]

Powiązane tematy z artykułem: honorowy dawca krwi przywileje krople krwi oddawanie krwii