Związek tocznia rumieniowatego układowego z C8orf13-BLK i ITGAM-ITGAX ad

Zidentyfikowaliśmy dwa nowe genetyczne loci – C8orf13-BLK i ITGAM-ITGAX – które przyczyniają się do ryzyka SLE. Metody
Przedmioty
Wśród badanych znalazło się 1435 pacjentów ze SLE, dla których pobrano próbki DNA z następujących kolekcji: 338 z Autoimmune Biomarkers Collaborative Network, repozytorium finansowane przez National Institute of Arthritis oraz Musculoskeletal and Skin Diseases15; 141 z Konsorcjum Genetics Genetic Assortation 16; 613 z University of California, San Francisco (UCSF), Lupus Genetics Project10,17; 335 z University of Pittsburgh Medical Center18; i 8 z Instytutu Badań Medycznych Feinsteina. Europejskie pochodzenie wszystkich pacjentów z SLE zostało ustalone na podstawie autoreferencji za pomocą kwestionariusza wielokrotnego wyboru. (Ogólnie rzecz biorąc, badani musieli mieć przynajmniej trzech dziadków pochodzenia europejskiego.) Rozpoznanie SLE (spełnienie czterech lub więcej kryteriów American College of Rheumatology [ACR] 19) zostało potwierdzone we wszystkich przypadkach poprzez zapisy (dla 94% uczestników sprawy) lub pisemna dokumentacja kryteriów przez leczącego reumatologa (6%). Dane kliniczne zostały przeanalizowane i zestawione w tabeli w każdej instytucji. Liczby i wartości procentowe dla każdego z 11 kryteriów klasyfikacji ACR dla SLE19 są wymienione w Tabeli Dodatkowego Dodatku (dostępne wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie www.nejm.org).
Łącznie 3583 próbek od osób kontrolnych zbadano w analizach asocjacyjnych. W ramach tego projektu wybrano 1861 próbek kontrolnych z kolekcji New York Cancer Project20, a następnie genotypowano na podstawie opisów pochodzenia, płci i wieku przodków. Ponadto dane genotypowe z 1722 próbek kontrolnych (wszystkie opisywane przez samych Amerykanów pochodzenia europejskiego pochodzenia) uzyskano z publicznie dostępnej bazy danych iControlDB (www.illumina.com/pages.ilmn.ID=231).
Aby przetestować replikację, genotypowaliśmy DNA z niezależnego zbioru próbek od 793 szwedzkich pacjentów ze SLE (wszyscy spełniali cztery lub więcej kryteriów klasyfikacji SLE, zgodnie z definicją ACR) i 857 zdrowych szwedzkich osobników kontrolnych. Pacjenci byli z klinik reumatologicznych w Lund, Uppsali, Karolinska (Solna) i Szpitali Uniwersyteckich Ume..7 Instytucjonalna komisja rewizyjna w każdym ośrodku współpracującym zatwierdziła badanie, a wszyscy badani wyrazili świadomą pisemną zgodę.
Genotypowanie
Łącznie 1861 próbek od osób kontrolnych z New York Cancer Project zostało genotypowanych na urządzeniu Illumina HumanHap550 Genotyping BeadChip21 w Instytucie Feinsteina. Łącznie 1465 próbek (464 od osób dotkniętych chorobą i 1001 od osób kontrolnych) zostało genotypowanych na chipie HumanHap550v1, a 1875 próbek (1015 od osobników przypadku i 860 od osób kontrolnych) zostało genotypowanych na chipie HumanHap550v3. Dane genotypowe z 1452 próbek kontrolnych zostały przesłane do iControlDB i udostępnione publicznie w 2007 r. Dodatkowy, niezależny zestaw 1722 próbek genotypowanych na BeadChip HumanHap550 otrzymano z badań 66 i 67 iControlDB. Próbki od pacjentów indywidualnych genotypowano w Instytucie Feinsteina w kilku fazach; Seria składała się z 479 obiektów z grupy Autoimmune Biomarkers Collaborative Network i Multiple Autoimmune Disease Genetics Consortium, seria 2 składała się z 613 osób z projektu UCSF Lupus Genetics Project, a seria 3 składała się z 387 obiektów z University of Pittsburgh Centrum Medyczne i Instytut Feinsteina
[podobne: honorowy dawca krwi przywileje, kokcydioza leczenie, ośrodki terapii uzależnień nfz ]

Powiązane tematy z artykułem: honorowy dawca krwi przywileje kokcydioza leczenie ośrodki terapii uzależnień nfz