Związek tocznia rumieniowatego układowego z C8orf13-BLK i ITGAM-ITGAX ad 6

Allel A rs13277113 był związany z wyższą ekspresją C8orf13 w transformowanych liniach, podczas gdy allel G był znacząco związany z niższą ekspresją (Figura 2C). Ponownie, heterozygoty A / G wykazywały pośrednie poziomy ekspresji. Ekspresja szeregu kontrolnych mRNA (np. Beta-aktyny i dehydrogenazy aldehydu 3-glicerynowego [GAPDH]) nie zmieniała się w liniach komórkowych na podstawie genotypu w rs13277113 (Tabela 3 Dodatku Aneks). Spójne różnice alleliczne w ekspresji BLK ze statystyczną istotnością obserwowano we wszystkich populacjach HapMap, z wyjątkiem populacji Joruba, w której allel ryzyka występuje rzadziej (Tabela 4 Dodatku Uzupełniającego). Wyniki te zostały potwierdzone przez analizę innego zestawu danych ekspresyjnych uzyskanych z niezależnej próbki 400 transformowanych linii komórek B. 26 W tym zbiorze danych marker sprzężenia nierównowagi z rs13277113 (rs4840568, r2 = 0,77) był związany z obiema obniżonymi ekspresjami BLK (P = 9 x 10-27, sonda 206255_at) i zwiększona ekspresja C8orf13 (P = 5 x 10-35, sonda 226614_s_at), z wielkościami efektów podobnymi do obserwowanych w zbiorze danych HapMap. Wiele konserwatywnych miejsc wiązania czynnika transkrypcji, w tym motywy czynnika regulatorowego interferonu (IRF1), aktywowanego proliferatorem peroksysomów receptora (PPARG) i element odpowiedzi stymulowany interferonem, znajdują się w regionie 5 BLK i C8orf13. Jednakże ani rs13277113, ani warianty w sprzężeniu nierównowagi (r2> 0,5) nie zmieniły znanych miejsc wiązania czynnika transkrypcji lub innych znanych funkcjonalnych motywów kwasu nukleinowego. Wnioskujemy, że rs13277113, lub wariacja silnie związana z rs13277113, zmienia poziom ekspresji mRNA BLK i C8orf13.
ITGAM-ITGAX
Rysunek 3. Rysunek 3. Korelacja wariantów w ITGAM-ITGAX z toczniem rumieniowatym układowym. Panel A pokazuje wartości -log10 P z regionu ITGAM-ITGAX. Kolory diamentów reprezentują korelacje r2 z rs11574637. Wszystkie geny w regionie (z bazy danych Reference Center w Narodowym Centrum Informacji o Biotechnologii) są wyświetlane powyżej wykresu pokazującego brak sprzężenia w regionie, jak określono za pomocą analizy chromosomów kontrolnych. Bloki łączące pary SNP są zacienione zgodnie z siłą nierównomierności powiązania między SNP, od 0,0 (biały) do 1,0 (jaskrawy czerwony), mierzoną przez współczynnik nierównowagi D . Panel B przedstawia genomową strukturę ITGAM, konserwowanych głównych domen białkowych oraz związek między rs11574637 i dwoma niesynonimicznymi allelami ITGAM.
Warianty w obrębie klastra genów kodujących łańcuchy integryny alfa na chromosomie 16 były również znacząco związane ze SLE (Tabela 2 i Figura 3). Powtarzalne połączenie allelu C rs11574637 obserwowano w trzech seriach przypadków SLE (P = 5 x 10-7, iloraz szans, 1,30, 95% CI, 1,17 do 1,45). Allel C rs11574637 wykazał podobnie silne wzbogacenie w szwedzkiej serii replikacyjnej (P = 4 × 10-7, iloraz szans, 1,59; 95% CI, 1,33 do 1,91) (tabela 2), a analiza połączona wykazała łączną wartość P 3 × 10-11 (Tabela 2).
SNP rs11574637 jest częścią bloku skorelowanych SNP, który obejmuje w przybliżeniu 150 kb i koduje kilka genów, w tym ITGAM i część 5 ITGAX (Figura 3A).
[przypisy: masaż uciskowy, usg tarczycy rzeszów, kokcydioza leczenie ]

Powiązane tematy z artykułem: kokcydioza leczenie masaż uciskowy usg tarczycy rzeszów