Związek tocznia rumieniowatego układowego z C8orf13-BLK i ITGAM-ITGAX ad 5

Panel A pokazuje wartości -log10 P z regionu C8orf13-BLK. Kolory diamentów reprezentują korelacje r2 z rs13277113. Wszystkie geny w regionie (z bazy danych Reference Center w Narodowym Centrum Informacji o Biotechnologii) są wyświetlane powyżej wykresu pokazującego brak sprzężenia w regionie, jak określono za pomocą analizy chromosomów kontrolnych. Bloki łączące pary SNP są zacienione zgodnie z siłą nierównomierności powiązania między SNP, od 0,0 (biały) do 1,0 (jaskrawy czerwony), mierzoną przez współczynnik nierównowagi D . Ten związany region na chromosomie 8 znajduje się w obrębie wspólnej polimorficznej inwersji w obrębie okołozębu 4,2-ml 29, 30 i jest związany z niezwykle niskimi poziomami rozszerzonej nierównowagi sprzężeń w całym regionie, jak pokazano. Jednak związek pomiędzy C8orf13-BLK i toczniem rumieniowatym układowym jest niezależny od inwersji. Wyrażono ekspresję BLK (Panel B) i C8orf13 (Panel C) w transformowanych liniach komórek B od 210 niespokrewnionych, zdrowych założycieli HapMap, stratyfikowanych zgodnie z genotypem w rs13277113. Znaczenie różniczkowej ekspresji określono za pomocą niesparowanych t-testów Studenta. Tabela 2. Tabela 2. Związek między wariantami w C8orf13-BLK i ITGAM-ITGAX i toczniem rumieniowatym układowym w badaniu stowarzyszenia genomewidu, seria replikacji i analiza połączonych badań. Kilka wariantów na krótkim ramieniu chromosomu 8 (8p23.1) było związanych ze SLE (Figura 2 i Tabela 2 oraz Tabela 5 Dodatkowego Dodatku). Allel A rs13277113 był wysoce wzbogacony w próbce pochodzącej od podmiotów z USA w porównaniu z grupą kontrolną (P = 8 x 10-8, łączny iloraz szans, 1,39, 95% przedział ufności [CI], 1,26 do 1,54). Aby potwierdzić tę wstępną obserwację, niezależny zbiór 793 próbek od osobników przypadków SLE i 857 dopasowanych kontroli ze Szwecji został wpisany dla rs13277113 i zaobserwowano również przekonujące połączenie między mniejszym allelem A i SLE (P = 4 x 10-4; iloraz szans, 1,33; 95% CI, 1,13 do 1,55) (Tabela 2). Połączona analiza rs13277113 z użyciem zarówno próbek amerykańskich, jak i szwedzkich wykazała P = × 10-10, co spełnia rygorystyczne kryterium P <5 × 10-8 dla znaczenia związku genomewidu.31
SNP rs13277113 odwzorowuje odstęp pomiędzy dwoma genami transkrybowanymi w przeciwnych kierunkach: BLK, kinaza tyrozynowa z rodziny src, która przekazuje sygnały za receptorem komórek B, i C8orf13, wszechobecnie eksprymowany gen o nieznanej funkcji (Figura 2). Żadne znane warianty BLK lub C8orf13 regionu kodującego nie są w równowadze sprzężeń z rs13277113.
Wykazano, że wspólna zmienność genetyczna koreluje z poziomem ekspresji genu cis.25,26,32 Używając zestawu danych do ekspresji genów generowanych z transformowanych linii komórek B 210 niepowiązanych próbek HapMap, 25 zaobserwowaliśmy, że allel ryzyka A rs13277113 było związane z niższymi poziomami ekspresji RNA (mRNA) BLK (Figura 2B). Homozygoty dla allelu A miały poziom ekspresji, który wynosił około 50% homozygot dla allelu G, a heterozygoty A / G miały poziomy pośrednie. Ekspresja genu C8orf13 korelowała również z haplotypem ryzyka, ale w przeciwnym kierunku
[patrz też: oprogramowanie stomatologiczne, stomatologia katowice, stomatolog zielona góra ]

Powiązane tematy z artykułem: oprogramowanie stomatologiczne stomatolog zielona góra stomatologia katowice