Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 6

Dla każdej z tych cech, analiza warunkowa wykazała, że BAFF-var wyjaśnił całe powiązanie w locus (Tabela S11 w Dodatku Uzupełniającym). Stwierdziliśmy również, że rozpuszczalne poziomy BAFF były istotnie wyższe u pacjentów ze stwardnieniem rozsianym lub SLE niż u osób kontrolnych. Ponadto, stosując przedkliniczne próbki dostępne dla ochotników SardiNIA, u których stwardnienie rozsiane rozwinęło się do 12 lat później, zaobserwowaliśmy podwyższone poziomy rozpuszczalnego BAFF przed rozpoznaniem choroby (Tabela S12 i sekcja Wyniki w dodatkowym dodatku). Wnioskujemy, że BAFF-var jest wariantem przyczynowym napędzającym wzrost rozpuszczalnego BAFF i kaskadą efektów immunologicznych prowadzących do zwiększonego ryzyka autoimmunizacji.
Wpływ BAFF-var na poziomy rozpuszczalnego BAFF
Figura 2. Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 6

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 5

Następnie dokładniej oszacowaliśmy powiązanie za pomocą porównań między populacjami. BAFF-var jest szczególnie powszechny na całej Sardynii (częstotliwość, 26,5%) i stopniowo mniej powszechne w południowej Europie (5,7% we Włoszech i 4,9% w Hiszpanii) i północnej Europie (1,8% w Wielkiej Brytanii i Szwecji). Oszacowaliśmy, że będziemy w stanie wykryć powiązanie z BAFF-var tylko w dostępnych włoskich próbkach. (Patrz sekcja Wyniki w dodatkowym dodatku.) Poprzez genotypowanie tych próbek (w których początkowo nie replikowano związku rs12874404), replikowaliśmy powiązanie BAFF-var z ryzykiem stwardnienia rozsianego (iloraz szans, 1,25; P = 0,01 ) (Tabela S6 w dodatkowym dodatku). Razem, te wyniki wskazują na BAFF-var jako wariant TNFSF13B, który jest najsilniej związany ze stwardnieniem rozsianym. Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 5

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad

Wdrożyliśmy strategię śledzenia sygnałów skojarzonych w innych populacjach i oceny mechanizmów poprzez charakterystykę potencjalnie skorelowanych ilościowych zmiennych immunologicznych oraz badań transkrypcji i ekspresji. Skupiliśmy się na sygnale asocjacyjnym w TNFSF13B, który koduje nadrodzinę czynnika martwicy nowotworów 13b (znany również jako czynnik aktywujący komórki B [BAFF]). BAFF jest cytokiną i celem leku, który jest przede wszystkim wytwarzany przez monocyty i neutrofile i jest niezbędny do aktywacji, różnicowania i przeżycia komórek B.11,12 Metody
Zestawy próbek do badań
Powiązania koincydencji oceniano w zestawach kontroli przypadków 2934 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym, 411 pacjentów ze SLE i 3392 osób z całej Sardynii, a także w kohorcie populacji (badanie SardiNIA) 6921 ochotników z doliny Lanusei na Sardynii.6 13 testów replikacji obejmowało użycie zestawów kontroli przypadków z Włoch kontynentalnych (2292 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym, 503 pacjentów ze SLE i 2563 kontroli), Szwecji (4548 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym i 3481 kontroli), Wielkiej Brytanii (3176 pacjenci ze stwardnieniem rozsianym i 2958 kontrolami) i Półwysep Iberyjski (1120 pacjentów ze SLE i 1300 kontroli). Wszyscy uczestnicy wyrazili pisemną świadomą zgodę.
Genotypowanie, imputacja i charakterystyka wariantów
Podgrupę 2273 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym i 2148 osób kontrolnych z Sardynii genotypowano za pomocą Affymetrix SNP Array 6.0 (574,519 polimorfizmów pojedynczych nukleotydów [SNPs]), a 6602 ochotników SardiNIA genotypowano czterema tablicami Illumina (OmniExpress, ImmunoChip, Cardio-MetaboChip i ExomeChip; łącznie 890,542 SNP) .6,14 Znacznie gęstszą mapę genetyczną (do 13,6 milionów SNP) skonstruowano z panelu odniesienia 2120 Sardyńczyków, którzy przeszli sekwencjonowanie całego genomu, a następnie rozmnożono ( imputed ) do wszystkie osoby genotypowane.6
Co więcej, w locus TNFSF13B, skonstruowaliśmy bardziej dopracowaną mapę, która zawierała również warianty insercji i delecji (indele) wywoływane przy użyciu narzędzia HaplotypeCaller zestawu Genome Analysis Tool Kit (GATK). Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 8

Dane te wskazują, że BAFF-var zwiększa rozpuszczalne poziomy BAFF przez faworyzowanie wytwarzania krótszego transkryptu, który jest mniej hamowany przez miR-15a. Jednakże, wyższa aktywność lucyferazy od krótkich reporterów niż od długich reporterów – albo podstawowa albo kotransfekowana za pomocą miR-15a po zmutowaniu miejsc wiążących miR-15a – sugeruje, że miR-15a nie wyjaśnia w pełni efektów zmiennych var BAFF i innych miRNA lub innych cząsteczek miRNA. Białka wiążące RNA mogą również wpływać na rozpuszczalne poziomy BAFF. Dowód pozytywnego wyboru na BAFF-var
Następnie ocenialiśmy, czy wysoka częstość występowania BAFF-var w odizolowanej populacji Sardynii (ryc. S8A w dodatkowym dodatku) jest zgodna z wpływem losowego dryfu genetycznego działającego w całym genomie lub czy jest bardziej prawdopodobne, że wynik selekcji wyraźnie faworyzuje BAFF-var na Sardynii (pozytywna selekcja). Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 8

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 7

Poziom istotności, obliczany za pomocą testu t, jest wskazany. Dane transkryptomu implikują także BAFF-var jako locus cechy ilościowej ekspresji, która zwiększa ekspresję TNFSF13B (P = 2,37 x 10-13) (Figura 1F). Jednak podwyższony poziom mRNA mógłby wyjaśniać tylko 24 do 27% wpływu na poziomy białka (rozpuszczalny BAFF) (Figura 3A i sekcja Wyniki w dodatkowym dodatku), wskazując, że prawdopodobnie chodziło również o zwiększenie poziomu translacji. Wyższe poziomy białka BAFF-var mogą być spowodowane obecnością miejsc miRNA w dłuższym, ale nie w krótszym, 3 UTR, który może zmniejszyć produkcję białka z dłuższego 3 UTR.21
Zidentyfikowaliśmy miejsca miRNA należące do Silico, które nie występowały w skróconym 3 -UTR (Tabela S4 w dodatkowym dodatku) i testowano je przez wyciąganie kompleksów miRNA-mRNA z lizatów THP1 przy użyciu sond biotynylowanych RNA dla TNFSF13B typu dzikiego 3 UTR i wariant 3 UTR (ryc. S5A w dodatkowym dodatku). Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 7

Genetyczne determinanty odpowiedzi na warfarynę podczas wstępnego leczenia przeciwzakrzepowego cd

Pacjenci zostali przydzieleni do grupy haplotypów A VKORC1 przy użyciu pięciu wariantów VKORC1, ponumerowanych zgodnie z sekwencją genomową GenBan o numerze dostępu GenBan A768020 w pozycjach 3673, 5808, 6484, 6853 i 7566, jak opisano poprzednio.9 Wszystkich innych pacjentów przypisano do grupy haplotypów określanej jako nie-A, która odpowiada ściśle haplotypowi grupy B VKORC1, jak opisali Rieder i in. 9 Haplotypy A i B razem stanowią od 96 do 99% wszystkich haplotypów u białych Amerykanów.9 Wyniki pierwotne i wtórne
Przeanalizowaliśmy cztery podstawowe wyniki analizy. Obliczyliśmy czas do pierwszego INR w zakresie terapeutycznym i czas do pierwszego INR powyżej 4 od daty rozpoczęcia leczenia warfaryną. Oba te wyniki zostały wybrane specjalnie w celu oceny wpływu genotypów CYP2C9 i haplotypów VKORC1 na działanie warfaryny podczas inicjacji antykoagulacji.
Wybraliśmy dwa dodatkowe podstawowe wyniki, aby ocenić wpływ CYP2C9 i VKORC1 w dłuższym okresie. Czytaj dalej Genetyczne determinanty odpowiedzi na warfarynę podczas wstępnego leczenia przeciwzakrzepowego cd

Genetyczne determinanty odpowiedzi na warfarynę podczas wstępnego leczenia przeciwzakrzepowego czesc 4

Dokonaliśmy prospektywnej selekcji potencjalnie zakłócających zmiennych, w tym wieku, rasy, płci, stosowania amiodaronu, docelowej wartości INR, początkowej dawki warfaryny, liczby testów INR i wskazania do leczenia przeciwzakrzepowego w celu dostosowania porównań między genotypami i haplotypami. Pierwotny wynik czasu powyżej zakresu terapeutycznego INR był porównywany zgodnie z genotypem lub haplotypem przy użyciu testu rang sumy rang Kruskala-Wallisa dla ogólnego porównania i testu szczerości znaczących różnic Tukey-Kramer dla porównań parami. Pierwotny wynik odpowiedzi INR na warfarynę w różnych okresach czasu zbadano za pomocą testu rang sumy rang Kruskala-Wallisa w celu ustalenia, czy w INR występuje efekt genotypu lub haplotypu. Wstępny wynik średniej dawki warfaryny porównano między genotypami i haplotypami za pomocą testu t Studenta. Dane są przedstawiane jako średnie (. Czytaj dalej Genetyczne determinanty odpowiedzi na warfarynę podczas wstępnego leczenia przeciwzakrzepowego czesc 4

Eliminowanie nierówności w opiece zdrowotnej w Ameryce: Raport poza IOM

Tylko nieliczne wysiłki Instytutu Medycyny (IOM) miały tak bezpośredni, głęboki i trwały efekt, jak jego przełomowy raport dotyczący różnic rasowych i etnicznych w kompleksowości i jakości opieki zdrowotnej w Stanach Zjednoczonych. W ciągu pięciu lat od opublikowania nierównego traktowania: w konfrontacji z nierównością rasową i etniczną w służbie zdrowia (Washington, DC: National Academies Press, 2003), wiele setek dodatkowych badań dokumentujących takie nierówności zalało czasopisma reprezentujące wszystkie główne dyscypliny medyczne. Agencje federalne – krajowe instytuty zdrowia, centra kontroli i zapobiegania chorobom i inne – opracowały i wdrożyły plany działań naprawczych, podobnie jak wiele ich państwowych i lokalnych odpowiedników. Agencja ds. Badań i Jakości w Ochronie Zdrowia publikuje obecnie coroczne krajowe raporty na temat różnic i jakości opieki. Czytaj dalej Eliminowanie nierówności w opiece zdrowotnej w Ameryce: Raport poza IOM