Hipotermia terapeutyczna po wewnątrzszpitalnym zatrzymaniu krążenia u dzieci ad 5

CNS oznacza centralny układ nerwowy, ECMO pozaustrojowe natlenienie błony, oddział intensywnej terapii OIOM, intencję leczenia ITT oraz hipotensję terapeutyczną THAPCA po zatrzymaniu krążenia dziecięcym. Próbę przerwano 27 lutego 2015 r. Z powodu daremności po przeglądzie tymczasowych analiz skuteczności przeprowadzonych przez radę ds. Monitorowania danych i bezpieczeństwa. W okresie od września 2009 r. Czytaj dalej Hipotermia terapeutyczna po wewnątrzszpitalnym zatrzymaniu krążenia u dzieci ad 5

Hipotermia terapeutyczna po wewnątrzszpitalnym zatrzymaniu krążenia u dzieci czesc 4

Pacjenci, którzy zmarli i pacjenci z najniższym możliwym wynikiem VABS-II zostali przypisani najgorszym możliwym wynikom, niezależnie od funkcji wyjściowej. Trzeci wynik był globalną oceną poznawczą, która została oparta na wynikach testów neuropsychologicznych (patrz Dodatek dodatkowy). Skutki bezpieczeństwa obejmowały częstość stosowania produktów krwiopochodnych, infekcji i poważnych zaburzeń rytmu serca w ciągu 7 dni po randomizacji, a także 28-dniową śmiertelność. Szczegóły dotyczące metod oceny wyników znajdują się w dodatkowym dodatku. Analiza statystyczna
Obliczyliśmy docelową wielkość próby zakładając szacunkową korzystną pierwotną liczbę wyników wynoszącą od 35 do 55% w grupie normotermicznej. Czytaj dalej Hipotermia terapeutyczna po wewnątrzszpitalnym zatrzymaniu krążenia u dzieci czesc 4

Hipotermia terapeutyczna po wewnątrzszpitalnym zatrzymaniu krążenia u dzieci cd

Pełna lista kryteriów wykluczenia znajduje się w dodatkowym dodatku. Pisemną świadomą zgodę rodzica lub opiekuna prawnego uzyskano dla każdego uczestnika. Randomizacja i interwencja
Kwalifikujący się pacjenci zostali losowo przydzieleni, w stosunku 1: 1, do terapeutycznej hipotermii lub normotermii terapeutycznej. Randomizację przeprowadzono przy użyciu permutowanych bloków stratyfikowanych według centrum klinicznego i kategorii wiekowej (<2 lata, 2 do <12 lat lub .12 lat).
Ukierunkowane zarządzanie temperaturą było aktywnie utrzymywane przez 120 godzin w każdej grupie. Czytaj dalej Hipotermia terapeutyczna po wewnątrzszpitalnym zatrzymaniu krążenia u dzieci cd

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 8

Dane te wskazują, że BAFF-var zwiększa rozpuszczalne poziomy BAFF przez faworyzowanie wytwarzania krótszego transkryptu, który jest mniej hamowany przez miR-15a. Jednakże, wyższa aktywność lucyferazy od krótkich reporterów niż od długich reporterów – albo podstawowa albo kotransfekowana za pomocą miR-15a po zmutowaniu miejsc wiążących miR-15a – sugeruje, że miR-15a nie wyjaśnia w pełni efektów zmiennych var BAFF i innych miRNA lub innych cząsteczek miRNA. Białka wiążące RNA mogą również wpływać na rozpuszczalne poziomy BAFF. Dowód pozytywnego wyboru na BAFF-var
Następnie ocenialiśmy, czy wysoka częstość występowania BAFF-var w odizolowanej populacji Sardynii (ryc. S8A w dodatkowym dodatku) jest zgodna z wpływem losowego dryfu genetycznego działającego w całym genomie lub czy jest bardziej prawdopodobne, że wynik selekcji wyraźnie faworyzuje BAFF-var na Sardynii (pozytywna selekcja). Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 8

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 7

Poziom istotności, obliczany za pomocą testu t, jest wskazany. Dane transkryptomu implikują także BAFF-var jako locus cechy ilościowej ekspresji, która zwiększa ekspresję TNFSF13B (P = 2,37 x 10-13) (Figura 1F). Jednak podwyższony poziom mRNA mógłby wyjaśniać tylko 24 do 27% wpływu na poziomy białka (rozpuszczalny BAFF) (Figura 3A i sekcja Wyniki w dodatkowym dodatku), wskazując, że prawdopodobnie chodziło również o zwiększenie poziomu translacji. Wyższe poziomy białka BAFF-var mogą być spowodowane obecnością miejsc miRNA w dłuższym, ale nie w krótszym, 3 UTR, który może zmniejszyć produkcję białka z dłuższego 3 UTR.21
Zidentyfikowaliśmy miejsca miRNA należące do Silico, które nie występowały w skróconym 3 -UTR (Tabela S4 w dodatkowym dodatku) i testowano je przez wyciąganie kompleksów miRNA-mRNA z lizatów THP1 przy użyciu sond biotynylowanych RNA dla TNFSF13B typu dzikiego 3 UTR i wariant 3 UTR (ryc. S5A w dodatkowym dodatku). Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 7

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 6

Dla każdej z tych cech, analiza warunkowa wykazała, że BAFF-var wyjaśnił całe powiązanie w locus (Tabela S11 w Dodatku Uzupełniającym). Stwierdziliśmy również, że rozpuszczalne poziomy BAFF były istotnie wyższe u pacjentów ze stwardnieniem rozsianym lub SLE niż u osób kontrolnych. Ponadto, stosując przedkliniczne próbki dostępne dla ochotników SardiNIA, u których stwardnienie rozsiane rozwinęło się do 12 lat później, zaobserwowaliśmy podwyższone poziomy rozpuszczalnego BAFF przed rozpoznaniem choroby (Tabela S12 i sekcja Wyniki w dodatkowym dodatku). Wnioskujemy, że BAFF-var jest wariantem przyczynowym napędzającym wzrost rozpuszczalnego BAFF i kaskadą efektów immunologicznych prowadzących do zwiększonego ryzyka autoimmunizacji.
Wpływ BAFF-var na poziomy rozpuszczalnego BAFF
Figura 2. Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 6

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 5

Następnie dokładniej oszacowaliśmy powiązanie za pomocą porównań między populacjami. BAFF-var jest szczególnie powszechny na całej Sardynii (częstotliwość, 26,5%) i stopniowo mniej powszechne w południowej Europie (5,7% we Włoszech i 4,9% w Hiszpanii) i północnej Europie (1,8% w Wielkiej Brytanii i Szwecji). Oszacowaliśmy, że będziemy w stanie wykryć powiązanie z BAFF-var tylko w dostępnych włoskich próbkach. (Patrz sekcja Wyniki w dodatkowym dodatku.) Poprzez genotypowanie tych próbek (w których początkowo nie replikowano związku rs12874404), replikowaliśmy powiązanie BAFF-var z ryzykiem stwardnienia rozsianego (iloraz szans, 1,25; P = 0,01 ) (Tabela S6 w dodatkowym dodatku). Razem, te wyniki wskazują na BAFF-var jako wariant TNFSF13B, który jest najsilniej związany ze stwardnieniem rozsianym. Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 5

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego czesc 4

Ten wariant jest w umiarkowanej nierównowadze powiązań (r2 = 0,44) z SNP rs9520836, co wcześniej okazało się być związane ze zwiększoną liczbą komórek B.4 Ten locus był zatem silnym kandydatem do oceny zbieżnych związków między ryzykiem choroby a endofenotypami i był dalej badane. Potwierdziliśmy związek ze stwardnieniem rozsianym w tym locus poprzez bezpośrednie genotypowanie rs12874404 w próbie Sardyńczyków, która obejmowała zestaw odkrycia i kilku dodatkowych Sardyńczyków (łącznie 2934 pacjentów i 3392 kontroli) i obserwację znaczącego związku genomewidu (iloraz szans, 1,27; P = 1,52 x 10-9). (Patrz sekcja Wyniki w dodatkowym dodatku.) Jednakże nie znaleźliśmy związku pomiędzy rs12874404 a stwardnieniem rozsianym w zestawach kontroli przypadków z kontynentalnych Włoch, Wielkiej Brytanii lub Szwecji (najniższa wartość P została stwierdzona we włoskiej próbie [ P = 0,51]), mimo że allel ryzyka był powszechny, a wielkość próby zapewniała wysoką moc statystyczną. (Zobacz sekcję Wyniki w dodatkowym dodatku.) Zatem rs12874404 jest mało prawdopodobne, aby był wariantem napędzającym skojarzenie.
Rysunek 1. Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego czesc 4

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego cd

Cytometria przepływowa została wykorzystana do profilowania subpopulacji komórek immunologicznych u 3669 ochotników, jak opisano wcześniej w badaniu obejmującym mniejszą próbkę.4 Ponadto, podgrupy komórek B i monocytów oceniano cytometrycznie w 1902 osobach (Tabela Rozpuszczalny BAFF mierzono za pomocą testu immunoenzymatycznego (ELISA) (R & D Systems) w próbkach surowicy od 2733 ochotników SardiNIA, a poziomy IgA, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4 i IgM mierzono za pomocą Bio-Plex Multiplex Immunoassay (Bio -Rad Laboratories) w próbkach surowicy od 2898 ochotników SardiNIA. Studia transkrypcji
Znormalizowane odczyty odczytu TNFSF13B (odzwierciedlające poziomy matrycowego RNA [mRNA]) i 3 nieulegającego translacji regionu 3 (3 UTR) TNFSF13B obliczono z danych z sekwencjonowania RNA z próbek leukocytów z 606 ochotników SardiNIA, a ich korelację oceniano przy użyciu współczynnika Pearsona. (Zobacz sekcję Metody w dodatkowym dodatku.) Mapowanie loci cech ilościowych ekspresji przeprowadzono za pomocą oprogramowania Merlin (http://csg.sph.umich.edu//abecasis/Merlin/) i funkcji lmekin () w oprogramowaniu R.
Aby ustalić, czy wpływ BAFF-var na poziomy rozpuszczalnego BAFF został w pełni uwzględniony przez wpływ na transkrypcję, przeprowadziliśmy warunkową liniową analizę regresji danych dotyczących 522 osób, dla których dostępne były zarówno rozpuszczalne poziomy białka BAFF, jak i dane sekwencjonowania RNA. Wpływ BAFF-var na rozpuszczalne poziomy BAFF, z lub bez poziomów transkrypcji UTR TNFSF13B 3 , oceniano za pomocą testu współczynnika wiarygodności. Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego cd

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad

Wdrożyliśmy strategię śledzenia sygnałów skojarzonych w innych populacjach i oceny mechanizmów poprzez charakterystykę potencjalnie skorelowanych ilościowych zmiennych immunologicznych oraz badań transkrypcji i ekspresji. Skupiliśmy się na sygnale asocjacyjnym w TNFSF13B, który koduje nadrodzinę czynnika martwicy nowotworów 13b (znany również jako czynnik aktywujący komórki B [BAFF]). BAFF jest cytokiną i celem leku, który jest przede wszystkim wytwarzany przez monocyty i neutrofile i jest niezbędny do aktywacji, różnicowania i przeżycia komórek B.11,12 Metody
Zestawy próbek do badań
Powiązania koincydencji oceniano w zestawach kontroli przypadków 2934 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym, 411 pacjentów ze SLE i 3392 osób z całej Sardynii, a także w kohorcie populacji (badanie SardiNIA) 6921 ochotników z doliny Lanusei na Sardynii.6 13 testów replikacji obejmowało użycie zestawów kontroli przypadków z Włoch kontynentalnych (2292 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym, 503 pacjentów ze SLE i 2563 kontroli), Szwecji (4548 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym i 3481 kontroli), Wielkiej Brytanii (3176 pacjenci ze stwardnieniem rozsianym i 2958 kontrolami) i Półwysep Iberyjski (1120 pacjentów ze SLE i 1300 kontroli). Wszyscy uczestnicy wyrazili pisemną świadomą zgodę.
Genotypowanie, imputacja i charakterystyka wariantów
Podgrupę 2273 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym i 2148 osób kontrolnych z Sardynii genotypowano za pomocą Affymetrix SNP Array 6.0 (574,519 polimorfizmów pojedynczych nukleotydów [SNPs]), a 6602 ochotników SardiNIA genotypowano czterema tablicami Illumina (OmniExpress, ImmunoChip, Cardio-MetaboChip i ExomeChip; łącznie 890,542 SNP) .6,14 Znacznie gęstszą mapę genetyczną (do 13,6 milionów SNP) skonstruowano z panelu odniesienia 2120 Sardyńczyków, którzy przeszli sekwencjonowanie całego genomu, a następnie rozmnożono ( imputed ) do wszystkie osoby genotypowane.6
Co więcej, w locus TNFSF13B, skonstruowaliśmy bardziej dopracowaną mapę, która zawierała również warianty insercji i delecji (indele) wywoływane przy użyciu narzędzia HaplotypeCaller zestawu Genome Analysis Tool Kit (GATK). Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad