Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego cd

Cytometria przepływowa została wykorzystana do profilowania subpopulacji komórek immunologicznych u 3669 ochotników, jak opisano wcześniej w badaniu obejmującym mniejszą próbkę.4 Ponadto, podgrupy komórek B i monocytów oceniano cytometrycznie w 1902 osobach (Tabela Rozpuszczalny BAFF mierzono za pomocą testu immunoenzymatycznego (ELISA) (R & D Systems) w próbkach surowicy od 2733 ochotników SardiNIA, a poziomy IgA, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4 i IgM mierzono za pomocą Bio-Plex Multiplex Immunoassay (Bio -Rad Laboratories) w próbkach surowicy od 2898 ochotników SardiNIA. Studia transkrypcji
Znormalizowane odczyty odczytu TNFSF13B (odzwierciedlające poziomy matrycowego RNA [mRNA]) i 3 nieulegającego translacji regionu 3 (3 UTR) TNFSF13B obliczono z danych z sekwencjonowania RNA z próbek leukocytów z 606 ochotników SardiNIA, a ich korelację oceniano przy użyciu współczynnika Pearsona. (Zobacz sekcję Metody w dodatkowym dodatku.) Mapowanie loci cech ilościowych ekspresji przeprowadzono za pomocą oprogramowania Merlin (http://csg.sph.umich.edu//abecasis/Merlin/) i funkcji lmekin () w oprogramowaniu R.
Aby ustalić, czy wpływ BAFF-var na poziomy rozpuszczalnego BAFF został w pełni uwzględniony przez wpływ na transkrypcję, przeprowadziliśmy warunkową liniową analizę regresji danych dotyczących 522 osób, dla których dostępne były zarówno rozpuszczalne poziomy białka BAFF, jak i dane sekwencjonowania RNA. Wpływ BAFF-var na rozpuszczalne poziomy BAFF, z lub bez poziomów transkrypcji UTR TNFSF13B 3 , oceniano za pomocą testu współczynnika wiarygodności. Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego cd

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad

Wdrożyliśmy strategię śledzenia sygnałów skojarzonych w innych populacjach i oceny mechanizmów poprzez charakterystykę potencjalnie skorelowanych ilościowych zmiennych immunologicznych oraz badań transkrypcji i ekspresji. Skupiliśmy się na sygnale asocjacyjnym w TNFSF13B, który koduje nadrodzinę czynnika martwicy nowotworów 13b (znany również jako czynnik aktywujący komórki B [BAFF]). BAFF jest cytokiną i celem leku, który jest przede wszystkim wytwarzany przez monocyty i neutrofile i jest niezbędny do aktywacji, różnicowania i przeżycia komórek B.11,12 Metody
Zestawy próbek do badań
Powiązania koincydencji oceniano w zestawach kontroli przypadków 2934 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym, 411 pacjentów ze SLE i 3392 osób z całej Sardynii, a także w kohorcie populacji (badanie SardiNIA) 6921 ochotników z doliny Lanusei na Sardynii.6 13 testów replikacji obejmowało użycie zestawów kontroli przypadków z Włoch kontynentalnych (2292 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym, 503 pacjentów ze SLE i 2563 kontroli), Szwecji (4548 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym i 3481 kontroli), Wielkiej Brytanii (3176 pacjenci ze stwardnieniem rozsianym i 2958 kontrolami) i Półwysep Iberyjski (1120 pacjentów ze SLE i 1300 kontroli). Wszyscy uczestnicy wyrazili pisemną świadomą zgodę.
Genotypowanie, imputacja i charakterystyka wariantów
Podgrupę 2273 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym i 2148 osób kontrolnych z Sardynii genotypowano za pomocą Affymetrix SNP Array 6.0 (574,519 polimorfizmów pojedynczych nukleotydów [SNPs]), a 6602 ochotników SardiNIA genotypowano czterema tablicami Illumina (OmniExpress, ImmunoChip, Cardio-MetaboChip i ExomeChip; łącznie 890,542 SNP) .6,14 Znacznie gęstszą mapę genetyczną (do 13,6 milionów SNP) skonstruowano z panelu odniesienia 2120 Sardyńczyków, którzy przeszli sekwencjonowanie całego genomu, a następnie rozmnożono ( imputed ) do wszystkie osoby genotypowane.6
Co więcej, w locus TNFSF13B, skonstruowaliśmy bardziej dopracowaną mapę, która zawierała również warianty insercji i delecji (indele) wywoływane przy użyciu narzędzia HaplotypeCaller zestawu Genome Analysis Tool Kit (GATK). Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 8

Dane te wskazują, że BAFF-var zwiększa rozpuszczalne poziomy BAFF przez faworyzowanie wytwarzania krótszego transkryptu, który jest mniej hamowany przez miR-15a. Jednakże, wyższa aktywność lucyferazy od krótkich reporterów niż od długich reporterów – albo podstawowa albo kotransfekowana za pomocą miR-15a po zmutowaniu miejsc wiążących miR-15a – sugeruje, że miR-15a nie wyjaśnia w pełni efektów zmiennych var BAFF i innych miRNA lub innych cząsteczek miRNA. Białka wiążące RNA mogą również wpływać na rozpuszczalne poziomy BAFF. Dowód pozytywnego wyboru na BAFF-var
Następnie ocenialiśmy, czy wysoka częstość występowania BAFF-var w odizolowanej populacji Sardynii (ryc. S8A w dodatkowym dodatku) jest zgodna z wpływem losowego dryfu genetycznego działającego w całym genomie lub czy jest bardziej prawdopodobne, że wynik selekcji wyraźnie faworyzuje BAFF-var na Sardynii (pozytywna selekcja). Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 8

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 7

Poziom istotności, obliczany za pomocą testu t, jest wskazany. Dane transkryptomu implikują także BAFF-var jako locus cechy ilościowej ekspresji, która zwiększa ekspresję TNFSF13B (P = 2,37 x 10-13) (Figura 1F). Jednak podwyższony poziom mRNA mógłby wyjaśniać tylko 24 do 27% wpływu na poziomy białka (rozpuszczalny BAFF) (Figura 3A i sekcja Wyniki w dodatkowym dodatku), wskazując, że prawdopodobnie chodziło również o zwiększenie poziomu translacji. Wyższe poziomy białka BAFF-var mogą być spowodowane obecnością miejsc miRNA w dłuższym, ale nie w krótszym, 3 UTR, który może zmniejszyć produkcję białka z dłuższego 3 UTR.21
Zidentyfikowaliśmy miejsca miRNA należące do Silico, które nie występowały w skróconym 3 -UTR (Tabela S4 w dodatkowym dodatku) i testowano je przez wyciąganie kompleksów miRNA-mRNA z lizatów THP1 przy użyciu sond biotynylowanych RNA dla TNFSF13B typu dzikiego 3 UTR i wariant 3 UTR (ryc. S5A w dodatkowym dodatku). Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 7