Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego czesc 4

Ten wariant jest w umiarkowanej nierównowadze powiązań (r2 = 0,44) z SNP rs9520836, co wcześniej okazało się być związane ze zwiększoną liczbą komórek B.4 Ten locus był zatem silnym kandydatem do oceny zbieżnych związków między ryzykiem choroby a endofenotypami i był dalej badane. Potwierdziliśmy związek ze stwardnieniem rozsianym w tym locus poprzez bezpośrednie genotypowanie rs12874404 w próbie Sardyńczyków, która obejmowała zestaw odkrycia i kilku dodatkowych Sardyńczyków (łącznie 2934 pacjentów i 3392 kontroli) i obserwację znaczącego związku genomewidu (iloraz szans, 1,27; P = 1,52 x 10-9). (Patrz sekcja Wyniki w dodatkowym dodatku.) Jednakże nie znaleźliśmy związku pomiędzy rs12874404 a stwardnieniem rozsianym w zestawach kontroli przypadków z kontynentalnych Włoch, Wielkiej Brytanii lub Szwecji (najniższa wartość P została stwierdzona we włoskiej próbie [ P = 0,51]), mimo że allel ryzyka był powszechny, a wielkość próby zapewniała wysoką moc statystyczną. (Zobacz sekcję Wyniki w dodatkowym dodatku.) Zatem rs12874404 jest mało prawdopodobne, aby był wariantem napędzającym skojarzenie.
Rysunek 1. Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego czesc 4

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego cd

Cytometria przepływowa została wykorzystana do profilowania subpopulacji komórek immunologicznych u 3669 ochotników, jak opisano wcześniej w badaniu obejmującym mniejszą próbkę.4 Ponadto, podgrupy komórek B i monocytów oceniano cytometrycznie w 1902 osobach (Tabela Rozpuszczalny BAFF mierzono za pomocą testu immunoenzymatycznego (ELISA) (R & D Systems) w próbkach surowicy od 2733 ochotników SardiNIA, a poziomy IgA, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4 i IgM mierzono za pomocą Bio-Plex Multiplex Immunoassay (Bio -Rad Laboratories) w próbkach surowicy od 2898 ochotników SardiNIA. Studia transkrypcji
Znormalizowane odczyty odczytu TNFSF13B (odzwierciedlające poziomy matrycowego RNA [mRNA]) i 3 nieulegającego translacji regionu 3 (3 UTR) TNFSF13B obliczono z danych z sekwencjonowania RNA z próbek leukocytów z 606 ochotników SardiNIA, a ich korelację oceniano przy użyciu współczynnika Pearsona. (Zobacz sekcję Metody w dodatkowym dodatku.) Mapowanie loci cech ilościowych ekspresji przeprowadzono za pomocą oprogramowania Merlin (http://csg.sph.umich.edu//abecasis/Merlin/) i funkcji lmekin () w oprogramowaniu R.
Aby ustalić, czy wpływ BAFF-var na poziomy rozpuszczalnego BAFF został w pełni uwzględniony przez wpływ na transkrypcję, przeprowadziliśmy warunkową liniową analizę regresji danych dotyczących 522 osób, dla których dostępne były zarówno rozpuszczalne poziomy białka BAFF, jak i dane sekwencjonowania RNA. Wpływ BAFF-var na rozpuszczalne poziomy BAFF, z lub bez poziomów transkrypcji UTR TNFSF13B 3 , oceniano za pomocą testu współczynnika wiarygodności. Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego cd

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad

Wdrożyliśmy strategię śledzenia sygnałów skojarzonych w innych populacjach i oceny mechanizmów poprzez charakterystykę potencjalnie skorelowanych ilościowych zmiennych immunologicznych oraz badań transkrypcji i ekspresji. Skupiliśmy się na sygnale asocjacyjnym w TNFSF13B, który koduje nadrodzinę czynnika martwicy nowotworów 13b (znany również jako czynnik aktywujący komórki B [BAFF]). BAFF jest cytokiną i celem leku, który jest przede wszystkim wytwarzany przez monocyty i neutrofile i jest niezbędny do aktywacji, różnicowania i przeżycia komórek B.11,12 Metody
Zestawy próbek do badań
Powiązania koincydencji oceniano w zestawach kontroli przypadków 2934 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym, 411 pacjentów ze SLE i 3392 osób z całej Sardynii, a także w kohorcie populacji (badanie SardiNIA) 6921 ochotników z doliny Lanusei na Sardynii.6 13 testów replikacji obejmowało użycie zestawów kontroli przypadków z Włoch kontynentalnych (2292 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym, 503 pacjentów ze SLE i 2563 kontroli), Szwecji (4548 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym i 3481 kontroli), Wielkiej Brytanii (3176 pacjenci ze stwardnieniem rozsianym i 2958 kontrolami) i Półwysep Iberyjski (1120 pacjentów ze SLE i 1300 kontroli). Wszyscy uczestnicy wyrazili pisemną świadomą zgodę.
Genotypowanie, imputacja i charakterystyka wariantów
Podgrupę 2273 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym i 2148 osób kontrolnych z Sardynii genotypowano za pomocą Affymetrix SNP Array 6.0 (574,519 polimorfizmów pojedynczych nukleotydów [SNPs]), a 6602 ochotników SardiNIA genotypowano czterema tablicami Illumina (OmniExpress, ImmunoChip, Cardio-MetaboChip i ExomeChip; łącznie 890,542 SNP) .6,14 Znacznie gęstszą mapę genetyczną (do 13,6 milionów SNP) skonstruowano z panelu odniesienia 2120 Sardyńczyków, którzy przeszli sekwencjonowanie całego genomu, a następnie rozmnożono ( imputed ) do wszystkie osoby genotypowane.6
Co więcej, w locus TNFSF13B, skonstruowaliśmy bardziej dopracowaną mapę, która zawierała również warianty insercji i delecji (indele) wywoływane przy użyciu narzędzia HaplotypeCaller zestawu Genome Analysis Tool Kit (GATK). Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego

Badania asocjacyjne genomewidu dotyczące chorób autoimmunologicznych zmapowały setki regionów wrażliwości w genomie. Jednak tylko w przypadku kilku sygnałów asocjacyjnych zidentyfikowano gen przyczynowo-skutkowy, a jeszcze rzadziej zdefiniowano wariant przyczynowy i mechanizm leżący u podstaw. Powiązane skojarzenia wariantów DNA wpływające zarówno na ryzyko choroby autoimmunologicznej, jak i ilościowe zmienne immunologiczne stanowią informacyjną drogę do zbadania mechanizmów chorobowych i ścieżek możliwych do ukierunkowania na leki. Metody
Korzystając z próbek kontrolnych z Sardynii we Włoszech, przeprowadziliśmy badanie asocjacyjne genomewidu w stwardnieniu rozsianym, a następnie specyficzne dla locus TNFSF13B testowanie asocjacji w toczniu rumieniowatym układowym (SLE). Przeprowadzono ekstensywne fenotypowanie ilościowych zmiennych immunologicznych, precyzyjne mapowanie oparte na sekwencjach, analizy krzyżowe i krzyżowe fenotypowe oraz badania ekspresji genów w celu zidentyfikowania wariantu przyczynowego i wyjaśnienia jego mechanizmu działania. Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego