Zbiorcze skojarzenie pięciu wariantów genetycznych z rakiem prostaty ad

Osoby z rakiem gruczołu krokowego zostały zidentyfikowane i zrekrutowane z czterech z sześciu regionalnych rejestrów nowotworów w Szwecji. Kryterium włączenia do badania przypadków było potwierdzone biopsją lub potwierdzone cytologicznie gruczolakoraka prostaty, zdiagnozowane między lipcem 2001 a październikiem 2003. Spośród 3648 zidentyfikowanych osób z rakiem prostaty, 3161 (87%) zgodziło się wziąć udział. Próbki DNA z krwi, stadium przerzutów do węzłów chłonnych (TNM), stopnia Gleasona (jak określono za pomocą biopsji) oraz poziomu antygenu specyficznego dla prostaty (PSA) w momencie rozpoznania były dostępne dla 2893 osób (92%). Osoby z przypadkami zostały sklasyfikowane jako osoby z zaawansowaną chorobą, jeśli spełniły którekolwiek z poniższych kryteriów: nowotwór 3. Czytaj dalej Zbiorcze skojarzenie pięciu wariantów genetycznych z rakiem prostaty ad

Zbiorcze skojarzenie pięciu wariantów genetycznych z rakiem prostaty

Polimorfizmy pojedynczego nukleotydu (SNP) w pięciu regionach chromosomalnych – trzy w 8q24 i po jednym w 17q12 i 17q24.3 – były związane z rakiem prostaty. Każdy SNP ma tylko umiarkowane powiązanie, ale gdy SNP są połączone, powiązanie może być silniejsze. Metody
Oceniliśmy 16 SNP z pięciu regionów chromosomowych w populacji szwedzkiej (2893 pacjentów z rakiem prostaty i 1781 osób kontrolnych) i oceniano indywidualne i skojarzone powiązanie SNP z rakiem prostaty.
Wyniki
Wiele SNP w każdym z pięciu regionów było związanych z rakiem prostaty w pojedynczej analizie SNP. Gdy wybrano najbardziej znaczący SNP z każdego z pięciu regionów i włączono do analizy wielu zmiennych, każdy SNP pozostał istotny po dostosowaniu do innych SNP i historii rodziny. Czytaj dalej Zbiorcze skojarzenie pięciu wariantów genetycznych z rakiem prostaty

Związek tocznia rumieniowatego układowego z C8orf13-BLK i ITGAM-ITGAX ad 7

Zarówno ITGAM, jak i ITGAX ulegają ekspresji na wykrywalnych poziomach w transformowanych EBV komórkach B, ale rs11574637 nie był znacząco związany z poziomami mRNA któregokolwiek z genu (dane nie pokazane). Potencjalnym zainteresowaniem jest obserwacja, że u osób kontrolnych z Ameryki Północnej rs11574637 była skorelowana z dwoma niesynonimicznymi wariantami ITGAM. Pierwszy SNP, rs1143678 (r2 = 0,85), powoduje podstawienie Pro1146Ser (asocjacja ze SLE, P = 3 x 10-5). Allel C rs11574637 i allel 1146Ser tworzą haplotyp na 18,2% chromosomów kontrolnych; allel C jest również obecny na odrębnym haplotypie, który jest obecny na około 2% chromosomów z kontroli pozbawionych allelu 1146Ser. Drugi niesynonimiczny SNP, rs1143683 (r2 = 0,45 w HapMap CEU [mieszkańców CEPH Utah z pochodzeniem z północnej i zachodniej Europy]), skutkuje substytucją Ala858Val i nie był bezpośrednio genotypowany w tym badaniu. Czytaj dalej Związek tocznia rumieniowatego układowego z C8orf13-BLK i ITGAM-ITGAX ad 7

Związek tocznia rumieniowatego układowego z C8orf13-BLK i ITGAM-ITGAX ad 6

Allel A rs13277113 był związany z wyższą ekspresją C8orf13 w transformowanych liniach, podczas gdy allel G był znacząco związany z niższą ekspresją (Figura 2C). Ponownie, heterozygoty A / G wykazywały pośrednie poziomy ekspresji. Ekspresja szeregu kontrolnych mRNA (np. Beta-aktyny i dehydrogenazy aldehydu 3-glicerynowego [GAPDH]) nie zmieniała się w liniach komórkowych na podstawie genotypu w rs13277113 (Tabela 3 Dodatku Aneks). Spójne różnice alleliczne w ekspresji BLK ze statystyczną istotnością obserwowano we wszystkich populacjach HapMap, z wyjątkiem populacji Joruba, w której allel ryzyka występuje rzadziej (Tabela 4 Dodatku Uzupełniającego). Czytaj dalej Związek tocznia rumieniowatego układowego z C8orf13-BLK i ITGAM-ITGAX ad 6

Związek tocznia rumieniowatego układowego z C8orf13-BLK i ITGAM-ITGAX ad 5

Panel A pokazuje wartości -log10 P z regionu C8orf13-BLK. Kolory diamentów reprezentują korelacje r2 z rs13277113. Wszystkie geny w regionie (z bazy danych Reference Center w Narodowym Centrum Informacji o Biotechnologii) są wyświetlane powyżej wykresu pokazującego brak sprzężenia w regionie, jak określono za pomocą analizy chromosomów kontrolnych. Bloki łączące pary SNP są zacienione zgodnie z siłą nierównomierności powiązania między SNP, od 0,0 (biały) do 1,0 (jaskrawy czerwony), mierzoną przez współczynnik nierównowagi D . Ten związany region na chromosomie 8 znajduje się w obrębie wspólnej polimorficznej inwersji w obrębie okołozębu 4,2-ml 29, 30 i jest związany z niezwykle niskimi poziomami rozszerzonej nierównowagi sprzężeń w całym regionie, jak pokazano. Czytaj dalej Związek tocznia rumieniowatego układowego z C8orf13-BLK i ITGAM-ITGAX ad 5

Związek tocznia rumieniowatego układowego z C8orf13-BLK i ITGAM-ITGAX czesc 4

1. Podsumowanie próbek od 1311 pacjentów i 3340 podmiotów kontrolnych w badaniu stowarzyszenia Genomewide. Łącznie 502,033 SNP na chipach Illumina przekazało filtry kontroli jakości i zostały przetestowane pod kątem powiązania ze SLE w sposób etapowy z wykorzystaniem trzech serii kontroli przypadku (Tabela 1). Połączona statystyka asocjacji została obliczona przez dodanie punktów z przeliczonych ze statystyki testu chi-kwadrat z korektą EIGENSTRAT, 23 ważonych dla wielkości serii i skorygowanych o rezydualną .gc dla każdej serii (patrz Dodatek dodatkowy). Rysunek 1. Czytaj dalej Związek tocznia rumieniowatego układowego z C8orf13-BLK i ITGAM-ITGAX czesc 4

Związek tocznia rumieniowatego układowego z C8orf13-BLK i ITGAM-ITGAX cd

Do analizy włączono 555 080 polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP) obecnych w obu wersjach i 3 HumanHap550. Próbki z przypadkami i próbkami kontrolnymi o średniej liczbie wywołań mniejszej niż 80% w całym chipie przeszły powtarzające się genotypowanie. W szwedzkiej serii, SNPs rs11574637 (ITGAM-ITGAX) i rs13277113 (C8orf13-BLK) zostały genotypowane z zastosowaniem homogennych jednozasadowych testów wydłużania z wykrywaniem polaryzacji fluorescencji na Platformie Technologicznej SNP w Uppsali (www.genotyping.se) i odczynniki (PerkinElmer) .22 Szybkość wywoływania genotypu w próbkach wynosiła 96%, a powtarzalność wynosiła 100%, na podstawie podwójnych testów 4,6% genotypów. Próbki pochodzące od trzypokoleniowego rodowodu z Centre d Etude du Polymorphisme Humain (CEPH) z 20 członkami były genotypowane równolegle z badanymi próbkami i nie zaobserwowano żadnych odchyleń od mendlowskiego dziedziczenia dla żadnego z SNP.
Filtry jakości danych
Szczegółowe informacje na temat filtrów jakości danych zastosowanych w badaniu, testów na asocjację i heterogeniczności wśród trzech badań kliniczno-kontrolnych oraz usuwania wartości izolowanych populacji za pomocą oprogramowania EIGENSTRAT23 są dostępne w Dodatku uzupełniającym. Czytaj dalej Związek tocznia rumieniowatego układowego z C8orf13-BLK i ITGAM-ITGAX cd

Związek tocznia rumieniowatego układowego z C8orf13-BLK i ITGAM-ITGAX ad

Zidentyfikowaliśmy dwa nowe genetyczne loci – C8orf13-BLK i ITGAM-ITGAX – które przyczyniają się do ryzyka SLE. Metody
Przedmioty
Wśród badanych znalazło się 1435 pacjentów ze SLE, dla których pobrano próbki DNA z następujących kolekcji: 338 z Autoimmune Biomarkers Collaborative Network, repozytorium finansowane przez National Institute of Arthritis oraz Musculoskeletal and Skin Diseases15; 141 z Konsorcjum Genetics Genetic Assortation 16; 613 z University of California, San Francisco (UCSF), Lupus Genetics Project10,17; 335 z University of Pittsburgh Medical Center18; i 8 z Instytutu Badań Medycznych Feinsteina. Europejskie pochodzenie wszystkich pacjentów z SLE zostało ustalone na podstawie autoreferencji za pomocą kwestionariusza wielokrotnego wyboru. (Ogólnie rzecz biorąc, badani musieli mieć przynajmniej trzech dziadków pochodzenia europejskiego.) Rozpoznanie SLE (spełnienie czterech lub więcej kryteriów American College of Rheumatology [ACR] 19) zostało potwierdzone we wszystkich przypadkach poprzez zapisy (dla 94% uczestników sprawy) lub pisemna dokumentacja kryteriów przez leczącego reumatologa (6%). Dane kliniczne zostały przeanalizowane i zestawione w tabeli w każdej instytucji. Czytaj dalej Związek tocznia rumieniowatego układowego z C8orf13-BLK i ITGAM-ITGAX ad

Związek tocznia rumieniowatego układowego z C8orf13-BLK i ITGAM-ITGAX

Toczeń rumieniowaty układowy (SLE) jest klinicznie heterogenną chorobą, w której na ryzyko choroby wpływa złożony wkład genetyczny i środowiskowy. Allele HLA-DRB1, IRF5 i STAT4 są ustalonymi genami podatności; istnieją mocne dowody na istnienie dodatkowych loci ryzyka. Metody
Genotypowaliśmy ponad 500 000 polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP) w próbkach DNA od 1311 osób chorych na SLE i 1783 osobników kontrolnych; wszyscy badani byli Amerykanami pochodzenia północnoamerykańskiego. Genotypy od 1557 dodatkowych osobników kontrolnych uzyskano z publicznych repozytoriów danych. Mierzyliśmy powiązanie pomiędzy SNP a SLE po zastosowaniu ścisłych filtrów kontroli jakości w celu zmniejszenia technicznych artefaktów i skorygowania obecności stratyfikacji populacji. Czytaj dalej Związek tocznia rumieniowatego układowego z C8orf13-BLK i ITGAM-ITGAX

Rozproszona miąższowa choroba płuc

Redaktorzy Dyfuzyjnej Płucnej Choroby Płuc, najnowszej książki z serii Progress in Respiratory Research firmy Karger, wybrali tytuł, który zawiera wiele wcześniejszych oznaczeń dla śródmiąższowej choroby płuc. Z przełomowych opisów Averilla Liebow i Charlesa Carringtona, poprzez rewizje Anny-Luise Katzenstein i Jeffrey a Myersa, akronimy i klasyfikacje stanowią integralną część historii śródmiąższowej choroby płuc. Na przykład wyszukiwanie PubMed przeprowadzone w grudniu 2007 r. (Z ograniczeniami ludzie i angielski ) ujawniło następujące cytaty dla powszechnie używanych terminów: ponad 25 000 pozycji w śródmiąższowej chorobie płuc, ponad 1600 pozycji w przypadku rozlanej śródmiąższowej choroby płuc, ponad 300 pozycji na naciekającą chorobę płuc i ponad 300 pozycji na rozlaną miąższową chorobę płuc. Warto zauważyć, że semantyka to nie jedyne pojęcia, które rozwijają się w dziedzinie śródmiąższowej choroby płuc. Czytaj dalej Rozproszona miąższowa choroba płuc