Regresja glioblastoma po terapii komórkami chimerycznego receptora antygenu ad 7

Te cytokiny obejmowały interferon-., czynnik martwicy nowotworów ., interleukiny 2, 10, 5, 6 i 8; chemokiny Ligand chemokiny CXC 9 (CXCL9) (lub monokina indukowana przez interferon-. [MIG]), ligand chemokiny 10 motywu CXC (CXCL10) (lub IP-10) i CCR2 (białko chemotaktyczne monocytów [MCP-1]) ; i rozpuszczalny receptor interleukiny-1 . (Figura 3C). Wydaje się, że wzrost poziomu cytokin zapalnych odpowiadał częstości występowania objawów stopnia i 2, takich jak gorączka, zmęczenie i bóle mięśni (tabela S2 w dodatkowym dodatku), a poziomy te powracały do wartości zbliżonych do wartości wyjściowych między cotygodniowymi cyklami leczenia. Te zmiany immunologiczne były ograniczone do płynu mózgowo-rdzeniowego, ponieważ nie wykryto znaczących wzrostów poziomów cytokin (tabele S5 i S6 w dodatkowym dodatku) i żadnych komórek T CAR + (dane nie przedstawione) były wykrywalne we krwi obwodowej. Czytaj dalej Regresja glioblastoma po terapii komórkami chimerycznego receptora antygenu ad 7

Regresja glioblastoma po terapii komórkami chimerycznego receptora antygenu ad 6

Panel C pokazuje zmianę czynnika w poziomach cytokin z leczeniem dokomorowym podczas cykli 7 do 11. Tylko cytokiny, które zostały ocenione za pomocą testu multipleksowego i które zmieniły się o czynnik 10 lub więcej w porównaniu z poziomami przed leczeniem w jednym lub więcej pokazanych jest więcej punktów czasowych. Wartości bazowe (w dniu 0 cyklu 7) użyte do obliczenia zmian czynników były następujące: interferon-., 8,2 pg na mililitr; czynnik martwicy nowotworów . (TNF-.), 1,6 pg na mililitr; receptor interleukiny-1 ., 50,1 pg na mililitr; interleukina-2, 0,6 pg na mililitr; interleukina-5, 0,5 pg na mililitr; interleukina-10, 4,4 pg na mililitr; interleukina-6, 56,5 pg na mililitr; interleukina-8, 226,2 pg na mililitr; Ligand chemokiny CXC 10 (CXCL10), 161,4 pg na mililitr; CCR2, 1660,6 pg na mililitr; i ligand chemokiny CXC chemokiny 9 (CXCL9), 82,9 pg na mililitr (tabela S4A w dodatkowym dodatku). Dla wszystkich cytokin z wyjątkiem receptora interleukiny-1 . Czytaj dalej Regresja glioblastoma po terapii komórkami chimerycznego receptora antygenu ad 6

Regresja glioblastoma po terapii komórkami chimerycznego receptora antygenu ad 5

Guzy nie były mierzalne za pomocą MRI i pozostawały niewykrywalne za pomocą PET (Figura 2B do 2E i Tabela Najwyraźniej, po dostarczeniu śródkomorowym limfocytów T IL13BB-CAR wszystkie guzy przerzutowe w kręgosłupie zostały całkowicie wyeliminowane (fig. 2D i 2E). Podczas leczenia dokomorowego (od 108 dnia do dnia 284), stopniowo zmniejszano ogólnoustrojową deksametazon (ryc. S2D w dodatkowym dodatku), a pacjent powrócił do normalnego życia i aktywności w pracy. Ta dramatyczna odpowiedź kliniczna utrzymywała się przez 7,5 miesiąca po rozpoczęciu terapii CAR-T-komórkami i żaden z tych początkowych guzów (guzy od do 7 i guzy kręgosłupa) nie powrócił. Czytaj dalej Regresja glioblastoma po terapii komórkami chimerycznego receptora antygenu ad 5

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 6

Dla każdej z tych cech, analiza warunkowa wykazała, że BAFF-var wyjaśnił całe powiązanie w locus (Tabela S11 w Dodatku Uzupełniającym). Stwierdziliśmy również, że rozpuszczalne poziomy BAFF były istotnie wyższe u pacjentów ze stwardnieniem rozsianym lub SLE niż u osób kontrolnych. Ponadto, stosując przedkliniczne próbki dostępne dla ochotników SardiNIA, u których stwardnienie rozsiane rozwinęło się do 12 lat później, zaobserwowaliśmy podwyższone poziomy rozpuszczalnego BAFF przed rozpoznaniem choroby (Tabela S12 i sekcja Wyniki w dodatkowym dodatku). Wnioskujemy, że BAFF-var jest wariantem przyczynowym napędzającym wzrost rozpuszczalnego BAFF i kaskadą efektów immunologicznych prowadzących do zwiększonego ryzyka autoimmunizacji.
Wpływ BAFF-var na poziomy rozpuszczalnego BAFF
Figura 2. Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 6

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 5

Następnie dokładniej oszacowaliśmy powiązanie za pomocą porównań między populacjami. BAFF-var jest szczególnie powszechny na całej Sardynii (częstotliwość, 26,5%) i stopniowo mniej powszechne w południowej Europie (5,7% we Włoszech i 4,9% w Hiszpanii) i północnej Europie (1,8% w Wielkiej Brytanii i Szwecji). Oszacowaliśmy, że będziemy w stanie wykryć powiązanie z BAFF-var tylko w dostępnych włoskich próbkach. (Patrz sekcja Wyniki w dodatkowym dodatku.) Poprzez genotypowanie tych próbek (w których początkowo nie replikowano związku rs12874404), replikowaliśmy powiązanie BAFF-var z ryzykiem stwardnienia rozsianego (iloraz szans, 1,25; P = 0,01 ) (Tabela S6 w dodatkowym dodatku). Razem, te wyniki wskazują na BAFF-var jako wariant TNFSF13B, który jest najsilniej związany ze stwardnieniem rozsianym. Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 5

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego czesc 4

Ten wariant jest w umiarkowanej nierównowadze powiązań (r2 = 0,44) z SNP rs9520836, co wcześniej okazało się być związane ze zwiększoną liczbą komórek B.4 Ten locus był zatem silnym kandydatem do oceny zbieżnych związków między ryzykiem choroby a endofenotypami i był dalej badane. Potwierdziliśmy związek ze stwardnieniem rozsianym w tym locus poprzez bezpośrednie genotypowanie rs12874404 w próbie Sardyńczyków, która obejmowała zestaw odkrycia i kilku dodatkowych Sardyńczyków (łącznie 2934 pacjentów i 3392 kontroli) i obserwację znaczącego związku genomewidu (iloraz szans, 1,27; P = 1,52 x 10-9). (Patrz sekcja Wyniki w dodatkowym dodatku.) Jednakże nie znaleźliśmy związku pomiędzy rs12874404 a stwardnieniem rozsianym w zestawach kontroli przypadków z kontynentalnych Włoch, Wielkiej Brytanii lub Szwecji (najniższa wartość P została stwierdzona we włoskiej próbie [ P = 0,51]), mimo że allel ryzyka był powszechny, a wielkość próby zapewniała wysoką moc statystyczną. (Zobacz sekcję Wyniki w dodatkowym dodatku.) Zatem rs12874404 jest mało prawdopodobne, aby był wariantem napędzającym skojarzenie.
Rysunek 1. Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego czesc 4

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego cd

Cytometria przepływowa została wykorzystana do profilowania subpopulacji komórek immunologicznych u 3669 ochotników, jak opisano wcześniej w badaniu obejmującym mniejszą próbkę.4 Ponadto, podgrupy komórek B i monocytów oceniano cytometrycznie w 1902 osobach (Tabela Rozpuszczalny BAFF mierzono za pomocą testu immunoenzymatycznego (ELISA) (R & D Systems) w próbkach surowicy od 2733 ochotników SardiNIA, a poziomy IgA, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4 i IgM mierzono za pomocą Bio-Plex Multiplex Immunoassay (Bio -Rad Laboratories) w próbkach surowicy od 2898 ochotników SardiNIA. Studia transkrypcji
Znormalizowane odczyty odczytu TNFSF13B (odzwierciedlające poziomy matrycowego RNA [mRNA]) i 3 nieulegającego translacji regionu 3 (3 UTR) TNFSF13B obliczono z danych z sekwencjonowania RNA z próbek leukocytów z 606 ochotników SardiNIA, a ich korelację oceniano przy użyciu współczynnika Pearsona. (Zobacz sekcję Metody w dodatkowym dodatku.) Mapowanie loci cech ilościowych ekspresji przeprowadzono za pomocą oprogramowania Merlin (http://csg.sph.umich.edu//abecasis/Merlin/) i funkcji lmekin () w oprogramowaniu R.
Aby ustalić, czy wpływ BAFF-var na poziomy rozpuszczalnego BAFF został w pełni uwzględniony przez wpływ na transkrypcję, przeprowadziliśmy warunkową liniową analizę regresji danych dotyczących 522 osób, dla których dostępne były zarówno rozpuszczalne poziomy białka BAFF, jak i dane sekwencjonowania RNA. Wpływ BAFF-var na rozpuszczalne poziomy BAFF, z lub bez poziomów transkrypcji UTR TNFSF13B 3 , oceniano za pomocą testu współczynnika wiarygodności. Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego cd

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad

Wdrożyliśmy strategię śledzenia sygnałów skojarzonych w innych populacjach i oceny mechanizmów poprzez charakterystykę potencjalnie skorelowanych ilościowych zmiennych immunologicznych oraz badań transkrypcji i ekspresji. Skupiliśmy się na sygnale asocjacyjnym w TNFSF13B, który koduje nadrodzinę czynnika martwicy nowotworów 13b (znany również jako czynnik aktywujący komórki B [BAFF]). BAFF jest cytokiną i celem leku, który jest przede wszystkim wytwarzany przez monocyty i neutrofile i jest niezbędny do aktywacji, różnicowania i przeżycia komórek B.11,12 Metody
Zestawy próbek do badań
Powiązania koincydencji oceniano w zestawach kontroli przypadków 2934 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym, 411 pacjentów ze SLE i 3392 osób z całej Sardynii, a także w kohorcie populacji (badanie SardiNIA) 6921 ochotników z doliny Lanusei na Sardynii.6 13 testów replikacji obejmowało użycie zestawów kontroli przypadków z Włoch kontynentalnych (2292 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym, 503 pacjentów ze SLE i 2563 kontroli), Szwecji (4548 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym i 3481 kontroli), Wielkiej Brytanii (3176 pacjenci ze stwardnieniem rozsianym i 2958 kontrolami) i Półwysep Iberyjski (1120 pacjentów ze SLE i 1300 kontroli). Wszyscy uczestnicy wyrazili pisemną świadomą zgodę.
Genotypowanie, imputacja i charakterystyka wariantów
Podgrupę 2273 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym i 2148 osób kontrolnych z Sardynii genotypowano za pomocą Affymetrix SNP Array 6.0 (574,519 polimorfizmów pojedynczych nukleotydów [SNPs]), a 6602 ochotników SardiNIA genotypowano czterema tablicami Illumina (OmniExpress, ImmunoChip, Cardio-MetaboChip i ExomeChip; łącznie 890,542 SNP) .6,14 Znacznie gęstszą mapę genetyczną (do 13,6 milionów SNP) skonstruowano z panelu odniesienia 2120 Sardyńczyków, którzy przeszli sekwencjonowanie całego genomu, a następnie rozmnożono ( imputed ) do wszystkie osoby genotypowane.6
Co więcej, w locus TNFSF13B, skonstruowaliśmy bardziej dopracowaną mapę, która zawierała również warianty insercji i delecji (indele) wywoływane przy użyciu narzędzia HaplotypeCaller zestawu Genome Analysis Tool Kit (GATK). Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 8

Dane te wskazują, że BAFF-var zwiększa rozpuszczalne poziomy BAFF przez faworyzowanie wytwarzania krótszego transkryptu, który jest mniej hamowany przez miR-15a. Jednakże, wyższa aktywność lucyferazy od krótkich reporterów niż od długich reporterów – albo podstawowa albo kotransfekowana za pomocą miR-15a po zmutowaniu miejsc wiążących miR-15a – sugeruje, że miR-15a nie wyjaśnia w pełni efektów zmiennych var BAFF i innych miRNA lub innych cząsteczek miRNA. Białka wiążące RNA mogą również wpływać na rozpuszczalne poziomy BAFF. Dowód pozytywnego wyboru na BAFF-var
Następnie ocenialiśmy, czy wysoka częstość występowania BAFF-var w odizolowanej populacji Sardynii (ryc. S8A w dodatkowym dodatku) jest zgodna z wpływem losowego dryfu genetycznego działającego w całym genomie lub czy jest bardziej prawdopodobne, że wynik selekcji wyraźnie faworyzuje BAFF-var na Sardynii (pozytywna selekcja). Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 8

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 7

Poziom istotności, obliczany za pomocą testu t, jest wskazany. Dane transkryptomu implikują także BAFF-var jako locus cechy ilościowej ekspresji, która zwiększa ekspresję TNFSF13B (P = 2,37 x 10-13) (Figura 1F). Jednak podwyższony poziom mRNA mógłby wyjaśniać tylko 24 do 27% wpływu na poziomy białka (rozpuszczalny BAFF) (Figura 3A i sekcja Wyniki w dodatkowym dodatku), wskazując, że prawdopodobnie chodziło również o zwiększenie poziomu translacji. Wyższe poziomy białka BAFF-var mogą być spowodowane obecnością miejsc miRNA w dłuższym, ale nie w krótszym, 3 UTR, który może zmniejszyć produkcję białka z dłuższego 3 UTR.21
Zidentyfikowaliśmy miejsca miRNA należące do Silico, które nie występowały w skróconym 3 -UTR (Tabela S4 w dodatkowym dodatku) i testowano je przez wyciąganie kompleksów miRNA-mRNA z lizatów THP1 przy użyciu sond biotynylowanych RNA dla TNFSF13B typu dzikiego 3 UTR i wariant 3 UTR (ryc. S5A w dodatkowym dodatku). Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 7