Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego czesc 4

Ten wariant jest w umiarkowanej nierównowadze powiązań (r2 = 0,44) z SNP rs9520836, co wcześniej okazało się być związane ze zwiększoną liczbą komórek B.4 Ten locus był zatem silnym kandydatem do oceny zbieżnych związków między ryzykiem choroby a endofenotypami i był dalej badane. Potwierdziliśmy związek ze stwardnieniem rozsianym w tym locus poprzez bezpośrednie genotypowanie rs12874404 w próbie Sardyńczyków, która obejmowała zestaw odkrycia i kilku dodatkowych Sardyńczyków (łącznie 2934 pacjentów i 3392 kontroli) i obserwację znaczącego związku genomewidu (iloraz szans, 1,27; P = 1,52 x 10-9). (Patrz sekcja Wyniki w dodatkowym dodatku.) Jednakże nie znaleźliśmy związku pomiędzy rs12874404 a stwardnieniem rozsianym w zestawach kontroli przypadków z kontynentalnych Włoch, Wielkiej Brytanii lub Szwecji (najniższa wartość P została stwierdzona we włoskiej próbie [ P = 0,51]), mimo że allel ryzyka był powszechny, a wielkość próby zapewniała wysoką moc statystyczną. (Zobacz sekcję Wyniki w dodatkowym dodatku.) Zatem rs12874404 jest mało prawdopodobne, aby był wariantem napędzającym skojarzenie.
Rysunek 1. Rysunek 1. Wykresy skojarzeń regionalnych.Osiągnięte są wyniki skojarzeń w regionie TNFSF13B w stwardnieniu rozsianym (panel A), procent komórek B w odniesieniu do limfocytów (panel B), poziom rozpuszczalnego czynnika aktywującego komórki B (BAFF) (Panel C), liczba monocytów (Panel D), długość regionu 3 nieulegającego translacji (3 UTR) TNFSF13B (Panel E) i informacyjny RNA TNFSF13B (mRNA) (Panel F). Każdy panel pokazuje siłę powiązania (wyrażoną jako ujemne wartości log10 P) w porównaniu z pozycją genomową (na budowie genomowej hg19 / GRCh37), ze specyfikacjami genów, eksonów i kierunku transkrypcji pokazanymi w ramce na dole kolumny. Na każdym wykresie, BAFF-var jest wariantem o najsilniejszym skojarzeniu. Inne warianty w regionie są kodowane kolorami, aby odzwierciedlić ich rozbieżność sprzężenia z BAFF-var (wzięty z parami wartości r2 obliczonych dla haplotypów sardyńskich). Panel A pokazuje wyniki dla 2273 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym i 2148 kontroli oraz dla rozszerzonej próbki (diamenty) 2934 pacjentów z zaburzeniem i 3392 kontroli. Panele od B do F odnoszą się do kohorty badania SardiNIA.
Ponieważ układ nierównowagi sprzężeń wokół rs12874404 różni się między Sardynią a Europą kontynentalną (ryc. S1A w dodatku uzupełniającym), rozważaliśmy, czy sygnał może pochodzić z wariantu, takiego jak indel, który nie został oceniony w naszym początkowym badaniu asocjacji genomewidu i to było w silniejszym nierównomierności sprzężenia z rs12874404 na Sardynii niż gdzie indziej. Poszukując takich wariantów, znaleźliśmy indel z GCTGT zastąpionym przez A, który miał r2 równy 0,76 z rs12874404 na Sardynii, ale r2 stanowił zaledwie 0,44 wśród europejskich uczestników Projektu 1000 genomów (ryc. S1B w dodatkowym dodatku). Bezpośrednie genotypowanie indelu w naszej kohorcie z Sardynii pokazało mniejszy allel (A), który nazwaliśmy BAFF-var , jako wariant najmocniej związany ze stwardnieniem rozsianym (iloraz szans, 1,27; P = 1,23 × 10-9) (ryc. 1A). Analiza warunkowa wykazała, że BAFF-var lub rs12874404 całkowicie wyjaśniają związek w TNFSF13B, z wyłączeniem sygnałów wtórnych spośród około 10 000 wariantów ocenianych w locus
[podobne: implanty zębów Kraków, dentofobia, Szczeniaki owczarka niemieckiego długowłosego ]

Powiązane tematy z artykułem: dentofobia implanty zębów Kraków Szczeniaki owczarka niemieckiego długowłosego