Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego cd

Cytometria przepływowa została wykorzystana do profilowania subpopulacji komórek immunologicznych u 3669 ochotników, jak opisano wcześniej w badaniu obejmującym mniejszą próbkę.4 Ponadto, podgrupy komórek B i monocytów oceniano cytometrycznie w 1902 osobach (Tabela Rozpuszczalny BAFF mierzono za pomocą testu immunoenzymatycznego (ELISA) (R & D Systems) w próbkach surowicy od 2733 ochotników SardiNIA, a poziomy IgA, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4 i IgM mierzono za pomocą Bio-Plex Multiplex Immunoassay (Bio -Rad Laboratories) w próbkach surowicy od 2898 ochotników SardiNIA. Studia transkrypcji
Znormalizowane odczyty odczytu TNFSF13B (odzwierciedlające poziomy matrycowego RNA [mRNA]) i 3 nieulegającego translacji regionu 3 (3 UTR) TNFSF13B obliczono z danych z sekwencjonowania RNA z próbek leukocytów z 606 ochotników SardiNIA, a ich korelację oceniano przy użyciu współczynnika Pearsona. (Zobacz sekcję Metody w dodatkowym dodatku.) Mapowanie loci cech ilościowych ekspresji przeprowadzono za pomocą oprogramowania Merlin (http://csg.sph.umich.edu//abecasis/Merlin/) i funkcji lmekin () w oprogramowaniu R.
Aby ustalić, czy wpływ BAFF-var na poziomy rozpuszczalnego BAFF został w pełni uwzględniony przez wpływ na transkrypcję, przeprowadziliśmy warunkową liniową analizę regresji danych dotyczących 522 osób, dla których dostępne były zarówno rozpuszczalne poziomy białka BAFF, jak i dane sekwencjonowania RNA. Wpływ BAFF-var na rozpuszczalne poziomy BAFF, z lub bez poziomów transkrypcji UTR TNFSF13B 3 , oceniano za pomocą testu współczynnika wiarygodności.
Efekty mikroRNA w ekspresji BAFF
Badania ekspresji przeprowadzono dla pierwotnych monocytów i komórek HeLa, HEK293T i THP1. Pierwotne monocyty izolowano z jednojądrzastych komórek krwi obwodowej poprzez selekcję negatywną. Ekstrakcję RNA, komplementarne przygotowanie DNA i ilościową analizę reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) przeprowadzono za pomocą starterów wymienionych w tabeli S3 w dodatkowym dodatku.
Prognozowanie in silico mikroRNA (miRNA) skierowanego przeciwko BAFF 3 UTR typu dzikiego i wariantowi BAFF 3 UTR (nukleotydy 2130 do 2582) przeprowadzono za pomocą trzech programów predykcyjnych: TargetScan (http: //www.targetscan. org /), miRDB (http://mirdb.org/miRDB/) i RNA22 (https://cm.jefferson.edu/rna22/). MiRNA i związane z nimi przewidywane miejsca wiązania (Tabela S4 w Dodatku Dodatkowym) zostały rozważone do dalszej walidacji. Testy pull-down, transfekcja miRNA i anty-miRNA, analiza Western blot, testy ELISA i lucyferazy zastosowano do oceny wiązania miRNA i sprawdzania oddziaływań mRNA-miRNA BAFF.
Analizy różnicowania i pozytywnej selekcji
Aby ocenić pozytywną selekcję, użyliśmy standardowych testów statystycznych do oceny różnicowania allelowo-częstotliwościowego (indeks utrwalenia15 i statystyki 16 populacji) i różnorodności haplotypów (zintegrowany wynik haplotypsu17 i liczba miejsc segregujących o długości18) w sekwencjach od 1081 niespokrewnionych sardyńczyków w porównaniu z sekwencjami od europejskich uczestników fazy 3 Projektu 1000 genomów. Dla każdej statystyki obliczono percentyl genomu , w rankingu BAFF-var w porównaniu z 3042 innymi wariantami, które zostały pobrane w całym genomie i dopasowane pod kątem częstości występowania mniejszych alleli u Sardyńczyków , lokalne wskaźniki rekombinacji i poziomy doboru tła.
Wyniki
Stowarzyszenie wariantu w TNFSF13B ze stwardnieniem rozsianym
Rozszerzając wcześniejszą pracę14 o więcej próbek i ulepszoną mapę genetyczną, przeprowadziliśmy oparte na sekwencjonowaniu badanie genomewidu obejmujące 2273 pacjentów z Sardynii ze stwardnieniem rozsianym i 2148 kontroli, analizując około 12,2 milionów SNP. 6 SNP, które wykazały sugestywne skojarzenie (P <5 × 10-6) (tabela S5 w dodatkowym dodatku) zawiera wariant rs12874404 w pobliżu TNFSF13B [patrz też: gabinet stomatologiczny Warszawa, Usługi stomatologiczne, leczenie kanałowe pod mikroskopem ]

Powiązane tematy z artykułem: gabinet stomatologiczny Warszawa leczenie kanałowe pod mikroskopem Usługi stomatologiczne