Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad

Wdrożyliśmy strategię śledzenia sygnałów skojarzonych w innych populacjach i oceny mechanizmów poprzez charakterystykę potencjalnie skorelowanych ilościowych zmiennych immunologicznych oraz badań transkrypcji i ekspresji. Skupiliśmy się na sygnale asocjacyjnym w TNFSF13B, który koduje nadrodzinę czynnika martwicy nowotworów 13b (znany również jako czynnik aktywujący komórki B [BAFF]). BAFF jest cytokiną i celem leku, który jest przede wszystkim wytwarzany przez monocyty i neutrofile i jest niezbędny do aktywacji, różnicowania i przeżycia komórek B.11,12 Metody
Zestawy próbek do badań
Powiązania koincydencji oceniano w zestawach kontroli przypadków 2934 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym, 411 pacjentów ze SLE i 3392 osób z całej Sardynii, a także w kohorcie populacji (badanie SardiNIA) 6921 ochotników z doliny Lanusei na Sardynii.6 13 testów replikacji obejmowało użycie zestawów kontroli przypadków z Włoch kontynentalnych (2292 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym, 503 pacjentów ze SLE i 2563 kontroli), Szwecji (4548 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym i 3481 kontroli), Wielkiej Brytanii (3176 pacjenci ze stwardnieniem rozsianym i 2958 kontrolami) i Półwysep Iberyjski (1120 pacjentów ze SLE i 1300 kontroli). Wszyscy uczestnicy wyrazili pisemną świadomą zgodę.
Genotypowanie, imputacja i charakterystyka wariantów
Podgrupę 2273 pacjentów ze stwardnieniem rozsianym i 2148 osób kontrolnych z Sardynii genotypowano za pomocą Affymetrix SNP Array 6.0 (574,519 polimorfizmów pojedynczych nukleotydów [SNPs]), a 6602 ochotników SardiNIA genotypowano czterema tablicami Illumina (OmniExpress, ImmunoChip, Cardio-MetaboChip i ExomeChip; łącznie 890,542 SNP) .6,14 Znacznie gęstszą mapę genetyczną (do 13,6 milionów SNP) skonstruowano z panelu odniesienia 2120 Sardyńczyków, którzy przeszli sekwencjonowanie całego genomu, a następnie rozmnożono ( imputed ) do wszystkie osoby genotypowane.6
Co więcej, w locus TNFSF13B, skonstruowaliśmy bardziej dopracowaną mapę, która zawierała również warianty insercji i delecji (indele) wywoływane przy użyciu narzędzia HaplotypeCaller zestawu Genome Analysis Tool Kit (GATK). Ta mapa specyficzna dla locus była używana jako panel odniesienia dla impulsu locus TNFSF13B w kohorty case-control i SardiNIA. Niestandardowe testy TaqMan zaprojektowano dla interesujących genotypów (rs12874404 i wariant z delecją insercyjną, GCTGT . A, który określamy jako BAFF-var) w odpowiednich próbkach sardyńskich i nie sardyńskich.
Analizy asocjacyjne
Badania asocjacyjne genomewidu w sardyńskich zestawach kontrolnych przypadków stwardnienia rozsianego oraz specyficzne dla miejsca badania badania asocjacyjne w kohorcie SardiNIA przeprowadzono zgodnie z wcześniejszym opisem.6,14 Jedno-wariancyjne analizy asocjacyjne skupiające się na rs12874404 i BAFF-var (tabela S1 w Dodatek dodatkowy, dostępny wraz z pełnym tekstem tego artykułu) wykorzystał oprogramowanie PLINK, wersja 1.9 (https://www.cog-genomics.org/plink2). Wartości P i rozmiary efektów dla SLE zostały obliczone przy użyciu oprogramowania METAL (http://genome.sph.umich.edu/wiki/METAL_Program). Korekta Bonferroniego dla wielokrotnego testowania została zastosowana do nominalnej wartości P (P = 0,05). Przeprowadzono warunkowe analizy ryzyka stwardnienia rozsianego i cech ilościowych przez dodanie albo BAFF-var albo rs12874404 jako współzmiennej do podstawowego modelu.
Immunologiczne oznaczanie fenotypu i oznaczanie surowicy w kohorcie SardiNIA
Szerokie typy leukocytów, w tym limfocyty, neutrofile i monocyty, zostały określone ilościowo za pomocą automatycznego licznika u do 5937 ochotników z genotypem
[hasła pokrewne: implanty zielona góra, stomatolog piaseczno, oprogramowanie stomatologiczne ]

Powiązane tematy z artykułem: implanty zielona góra oprogramowanie stomatologiczne stomatolog piaseczno