Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 8

Dane te wskazują, że BAFF-var zwiększa rozpuszczalne poziomy BAFF przez faworyzowanie wytwarzania krótszego transkryptu, który jest mniej hamowany przez miR-15a. Jednakże, wyższa aktywność lucyferazy od krótkich reporterów niż od długich reporterów – albo podstawowa albo kotransfekowana za pomocą miR-15a po zmutowaniu miejsc wiążących miR-15a – sugeruje, że miR-15a nie wyjaśnia w pełni efektów zmiennych var BAFF i innych miRNA lub innych cząsteczek miRNA. Białka wiążące RNA mogą również wpływać na rozpuszczalne poziomy BAFF. Dowód pozytywnego wyboru na BAFF-var
Następnie ocenialiśmy, czy wysoka częstość występowania BAFF-var w odizolowanej populacji Sardynii (ryc. S8A w dodatkowym dodatku) jest zgodna z wpływem losowego dryfu genetycznego działającego w całym genomie lub czy jest bardziej prawdopodobne, że wynik selekcji wyraźnie faworyzuje BAFF-var na Sardynii (pozytywna selekcja). Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 8

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 7

Poziom istotności, obliczany za pomocą testu t, jest wskazany. Dane transkryptomu implikują także BAFF-var jako locus cechy ilościowej ekspresji, która zwiększa ekspresję TNFSF13B (P = 2,37 x 10-13) (Figura 1F). Jednak podwyższony poziom mRNA mógłby wyjaśniać tylko 24 do 27% wpływu na poziomy białka (rozpuszczalny BAFF) (Figura 3A i sekcja Wyniki w dodatkowym dodatku), wskazując, że prawdopodobnie chodziło również o zwiększenie poziomu translacji. Wyższe poziomy białka BAFF-var mogą być spowodowane obecnością miejsc miRNA w dłuższym, ale nie w krótszym, 3 UTR, który może zmniejszyć produkcję białka z dłuższego 3 UTR.21
Zidentyfikowaliśmy miejsca miRNA należące do Silico, które nie występowały w skróconym 3 -UTR (Tabela S4 w dodatkowym dodatku) i testowano je przez wyciąganie kompleksów miRNA-mRNA z lizatów THP1 przy użyciu sond biotynylowanych RNA dla TNFSF13B typu dzikiego 3 UTR i wariant 3 UTR (ryc. S5A w dodatkowym dodatku). Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 7

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 6

Dla każdej z tych cech, analiza warunkowa wykazała, że BAFF-var wyjaśnił całe powiązanie w locus (Tabela S11 w Dodatku Uzupełniającym). Stwierdziliśmy również, że rozpuszczalne poziomy BAFF były istotnie wyższe u pacjentów ze stwardnieniem rozsianym lub SLE niż u osób kontrolnych. Ponadto, stosując przedkliniczne próbki dostępne dla ochotników SardiNIA, u których stwardnienie rozsiane rozwinęło się do 12 lat później, zaobserwowaliśmy podwyższone poziomy rozpuszczalnego BAFF przed rozpoznaniem choroby (Tabela S12 i sekcja Wyniki w dodatkowym dodatku). Wnioskujemy, że BAFF-var jest wariantem przyczynowym napędzającym wzrost rozpuszczalnego BAFF i kaskadą efektów immunologicznych prowadzących do zwiększonego ryzyka autoimmunizacji.
Wpływ BAFF-var na poziomy rozpuszczalnego BAFF
Figura 2. Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 6

Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 5

Następnie dokładniej oszacowaliśmy powiązanie za pomocą porównań między populacjami. BAFF-var jest szczególnie powszechny na całej Sardynii (częstotliwość, 26,5%) i stopniowo mniej powszechne w południowej Europie (5,7% we Włoszech i 4,9% w Hiszpanii) i północnej Europie (1,8% w Wielkiej Brytanii i Szwecji). Oszacowaliśmy, że będziemy w stanie wykryć powiązanie z BAFF-var tylko w dostępnych włoskich próbkach. (Patrz sekcja Wyniki w dodatkowym dodatku.) Poprzez genotypowanie tych próbek (w których początkowo nie replikowano związku rs12874404), replikowaliśmy powiązanie BAFF-var z ryzykiem stwardnienia rozsianego (iloraz szans, 1,25; P = 0,01 ) (Tabela S6 w dodatkowym dodatku). Razem, te wyniki wskazują na BAFF-var jako wariant TNFSF13B, który jest najsilniej związany ze stwardnieniem rozsianym. Czytaj dalej Nadekspresja cytokiny BAFF i ryzyka autoimmunologicznego ad 5